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Raúl Rabadán

Raúl Rabadán (nacido en 1974) es un físico teórico y biólogo computacional hispanoamericano. Actualmente es profesor de la cátedra Gerald y Janet Carrus en el Departamento de  Biología de Sistemas , Informática Biomédica y Cirugía de la Universidad de Columbia . Es director del Programa de Genómica Matemática de la Universidad de Columbia y director del Centro de Topología de la Evolución y Heterogeneidad del Cáncer. En Columbia, ha creado un laboratorio altamente interdisciplinario con investigadores de los campos de las matemáticas, la física, la informática, la ingeniería y la medicina, con el objetivo común de resolver problemas biomédicos urgentes a través de modelos computacionales cuantitativos. El interés actual de Rabadan se centra en descubrir patrones de evolución en sistemas biológicos, en particular, virus y cáncer.

Carrera

Rabadan es un experto en aproximaciones matemáticas a sistemas biológicos, genómica del cáncer y enfermedades infecciosas. Recibió su doctorado en   fenomenología  de la teoría de cuerdas , específicamente en la física de compactificaciones de cuerdas y configuraciones de D-brana intersecantes  en la Universidad Autónoma de Madrid, España. En su investigación más reciente en física ha estudiado la paradoja de la información de los agujeros negros en el contexto de la dualidad Anti-de Sitter/ Teoría de Campos Conforme  , y ha propuesto varios experimentos para buscar axiones. Desde 2005 ha centrado su programa de investigación en problemas teóricos y computacionales en biología. De 2001 a 2003, Rabadan fue miembro de la División de Física Teórica del  CERN , la Organización Europea para la Investigación Nuclear, en Ginebra, Suiza. En 2003 se unió al Grupo de Física de la Escuela de Ciencias Naturales del  Instituto de Estudios Avanzados .

Desde 2008, Rabadan ha sido profesor en la Universidad de Columbia, en Nueva York. Ha aplicado enfoques cuantitativos para modelar y comprender la dinámica de los sistemas biológicos a través de la lente de la genómica. Ha centrado su investigación en la evolución de dos de estos sistemas biológicos: el cáncer y las enfermedades infecciosas. En particular, ha estado trabajando en la identificación de mecanismos impulsores de procesos evolutivos, caracterizando la dinámica de procesos clave y dilucidando interacciones epistásicas. A Rabadan le interesa comprender la evolución de los agentes infecciosos a través del análisis de su genoma, en particular los virus de ARN como la gripe y los coronavirus. Su trabajo en esta área incluye la dilucidación del origen del subtipo H1N1 del virus de la gripe A. [1] [2]

El trabajo de Rabadan en genómica del cáncer ha llevado a la identificación de alteraciones impulsoras en la leucemia de células pilosas, [3] linfoma difuso de células B grandes, [4] [5] leucemia linfoblástica aguda de células T, [6] [7] leucemia linfocítica crónica, [8] [9] [10] [11] linfoma esplénico de la zona marginal [12] y glioblastoma multiforme; [13] [14] [15] y a la identificación de alteraciones recurrentes, que conducen a la resistencia a la terapia, utilizando datos longitudinales en leucemia linfoblástica aguda de células T. Actualmente está estudiando el papel del ARN no codificante en el cáncer. [16] [17] Recientemente, ha estado trabajando en la aplicación del análisis de datos topológicos a datos genómicos a gran escala y datos transcriptómicos de células individuales. [18] [19] [20] [21] [22]

El trabajo científico de Rabadan ha dado lugar a más de 200 publicaciones científicas revisadas por pares, incluidas en revistas de alto impacto (New England Journal of Medicine, Nature, Science, Nature Genetics, Nature Medicine, Cell, entre otras). Varios de sus resultados han aparecido en la prensa internacional, entre ellos CNN, New York Times, Wall Street Journal, Associated Press, Reuters International y The Economist.

Libros

En 2019, Rabadan, junto con Andrew Blumberg, un topólogo de la Universidad de Texas, publicó un libro Topological Data Analysis for Genomics and Evolution en Cambridge University Press. El libro explora la biología en la era del Big Data. Este libro presenta las ideas y técnicas centrales del análisis de datos topológicos y sus aplicaciones específicas a la biología, incluida la evolución de virus, bacterias y humanos, la genómica del cáncer y la caracterización de procesos de desarrollo en células individuales.

En 2020, Rabadan publicó Understanding Coronavirus en Cambridge University Press. El libro ofrece una introducción concisa y accesible que ofrece respuestas a las preguntas más comunes sobre el coronavirus para un público general, incluida una introducción sobre el origen y la evolución de este virus, la relación con el SARS y otros virus respiratorios, entre otras.

Referencias

  1. ^ Trifonov, V., Khiabanian, H., Greenbaum, B. y Rabadan, R. El origen del reciente virus de la gripe porcina A(H1N1) que infecta a los humanos. Euro Surveill 14 (2009).
  2. ^ Trifonov, V.; Khiabanian, H.; Rabadan, R. (2009). "Dependencia geográfica, vigilancia y orígenes del virus de la influenza A (H1N1) de 2009". N Engl J Med . 361 (2): 115–119. doi : 10.1056/NEJMp0904572 . PMID  19474418.
  3. ^ Tiacci, E.; et al. (2011). "Mutaciones BRAF en la leucemia de células pilosas". N Inglés J Med . 364 (24): 2305–2315. doi :10.1056/NEJMoa1014209. PMC 3689585 . PMID  21663470. 
  4. ^ Pasqualucci, L.; et al. (2011). "Mutaciones inactivadoras de genes de acetiltransferasa en linfoma de células B". Nature . 471 (7337): 189–195. Bibcode :2011Natur.471..189P. doi :10.1038/nature09730. PMC 3271441 . PMID  21390126. 
  5. ^ Pasqualucci, L.; et al. (2011). "Análisis del genoma codificante del linfoma difuso de células B grandes". Nat Genet . 43 (9): 830–837. doi :10.1038/ng.892. PMC 3297422 . PMID  21804550. 
  6. ^ Van Vlierberghe, P.; et al. (2010). "Mutaciones de PHF6 en la leucemia linfoblástica aguda de células T". Nat Genet . 42 (4): 338–342. doi :10.1038/ng.542. PMC 2847364 . PMID  20228800. 
  7. ^ Tzoneva, G.; et al. (2013). "Las mutaciones activadoras en el gen de la nucleotidasa NT5C2 impulsan la resistencia a la quimioterapia en la leucemia linfoblástica aguda recidivante". Nat Med . 19 (3): 368–371. doi :10.1038/nm.3078. PMC 3594483 . PMID  23377281. 
  8. ^ Rossi, D. et al. Las mutaciones de NOTCH1 son un predictor independiente de supervivencia en la leucemia linfocítica crónica. Blood 119, 521-529, doi :10.1182/blood-2011-09-379966 (2012).
  9. ^ Rossi, D.; et al. (2012). "El análisis citogenético y mutacional integrado identifica nuevos subgrupos pronósticos en la leucemia linfocítica crónica". Sangre . 121 (8): 1403–1412. doi : 10.1182/blood-2012-09-458265 . PMC 3578955 . PMID  23243274. 
  10. ^ Rossi, D.; et al. (2011). "Mutaciones del factor de empalme SF3B1 en la leucemia linfocítica crónica: asociación con la progresión y la refractariedad a la fludarabina". Blood . 118 (26): 6904–6908. doi : 10.1182/blood-2011-08-373159 . PMC 3245210 . PMID  22039264. 
  11. ^ Jiguang Wang, Hossein Khiabanian, Davide Rossi, Giulia Fabbri, Valter Gattei, Francesco Forconi, Luca Laurenti, Roberto Marasca, Giovanni Del Poeta, Robin Foà, Laura Pasqualucci, Gianluca Gaidano, Raul Rabadan. Gráficos dirigidos a la evolución del tumor y la historia de la leucemia linfocítica crónica. eLife 2014 11 de diciembre; doi : 10.7554/eLife.02869 PMID  25496728.
  12. ^ Rossi, D.; et al. (2012). "El genoma codificante del linfoma esplénico de la zona marginal: activación de NOTCH2 y otras vías que regulan el desarrollo de la zona marginal". J Exp Med . 209 (9): 1537–1551. doi : 10.1084/jem.20120904 . PMC 3428941 . PMID  22891273. 
  13. ^ Singh, D. et al. Fusiones transformadoras de los genes FGFR y TACC en el glioblastoma humano. Science, doi :10.1126/science.1220834.
  14. ^ Jiguang Wang, Emanuela Cazzato, Erik Ladewig, Veronique Frattini, Daniel S. Rosenbloom, Sakellarios Zairis, Francesco Abate, Zhaoqi Liu, Oliver Elliott, Yong-Jae Shin, Jin-Ku Lee, In-Hee Lee, Woong-Yang Park, Marica Eoli, Andrew Blumberg, Anna Lasorella, Do-Hyun Nam, Gaetano Finocchiaro, Antonio Iavarone, Raul Rabadan, Evolución clonal del glioblastoma bajo terapia, Nature Genetics 6 de junio de 2016. doi :10.1038/ng.3590.
  15. ^ Veronique Frattini, Vladimir Trifonov, Joseph Minhow Chan, Angelica Castano, Marie Lia, Francesco Abate, Stephen T. Keir, Alan X. Ji, Pietro Zoppoli, Francesco Niola, Carla Danussi, Igor Dolgalev, Paola Porrati, Serena Pellegatta, Adriana Heguy , Gaurav Gupta, David J. Pisapia, Peter Canoll, Jeffrey N. Bruce, Roger E. McLendon, Hai Yan, Ken Aldape, Gaetano Finocchiaro, Tom Mikkelsen , Gilbert G. Privé, Darell D. Bigner, Anna Lasorella, Raul Rabadan, Antonio Iavarón. El panorama integrado de las alteraciones genómicas impulsoras en el glioblastoma. Nature Genetics 5 de agosto de 2013. doi :10.1038/ng.2734. PMC  3677224.
  16. ^ E. Pefanis, J. Wang, G. Rothschild, J. Lim, J. Chao, R. Rabadan, AN. Economides, U. Basu. La transcripción de ARN no codificante antisentido dirige la AID a genes transcritos de forma divergente en el genoma de las células B. Nature 514, 389–393 (coautores correspondientes).
  17. ^ Evangelos Pefanis, Jiguang Wang, Gerson Rothschild, Junghyun Lim, David Kazadi, Jianbo Sun, Alexander Federation, Jaime Chao, Oliver Elliott, Zhi-Ping Liu, Aris N. Economides, James E. Bradner, Raul Rabadan, Uttiya Basu. La transcripción de ARN largo no codificante regulada por exosomas de ARN controla la actividad de los superpotenciadores. Cell , mayo de 2015; doi :10.1016/j.cell.2015.04.034
  18. ^ Chan, JM; Carlsson, G.; Rabadan, R. (2013). "Topología de la evolución viral". Proc Natl Acad Sci USA . 110 (46): 18566–18571. Código Bibliográfico :2013PNAS..11018566C. doi : 10.1073/pnas.1313480110 . PMC 3831954 . PMID  24170857. 
  19. ^ K. Emmett, RR Caracterización de escalas de recombinación genética y resistencia a antibióticos en bacterias patógenas mediante análisis de datos topológicos. Apuntes de clase en informática (LNCS) (2014).
  20. ^ Camara, Pablo G.; Rosenbloom, Daniel IS; Emmett, Kevin J.; Levine, Arnold J.; Rabadan, Raul (2016). "Resolución a escala fina de la recombinación humana mediante análisis de datos topológicos". Cell Systems . 3 (1): 83–94. doi : 10.1016/j.cels.2016.05.008 . PMC 4965322 . PMID  27345159. 
  21. ^ S. Zairis, A. Blumberg, H. Khiabanian, R. Rabadan. Espacios de módulos de árboles filogenéticos que describen patrones evolutivos de tumores. Lecture Notes in Computer Science (LNCS) 2014. Volumen 8609, págs. 528-539. 2.
  22. ^ Rizvi, Abbas H.; Camara, Pablo G.; Kandror, Elena K.; Roberts, Thomas J.; Schieren, Ira; Maniatis, Tom; Rabadan, Raul (junio de 2017). "El análisis topológico de ARN-seq de células individuales revela información sobre la diferenciación y el desarrollo celular". Nature Biotechnology . 35 (6): 551–560. doi :10.1038/nbt.3854. ISSN  1546-1696. PMC 5569300 . PMID  28459448. 

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