Base de datos de información química.
PubChem es una base de datos de moléculas químicas y sus actividades frente a ensayos biológicos . El sistema es mantenido por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), un componente de la Biblioteca Nacional de Medicina , que forma parte de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). Se puede acceder a PubChem de forma gratuita a través de una interfaz de usuario web . Millones de estructuras compuestas y conjuntos de datos descriptivos se pueden descargar gratuitamente a través de FTP . PubChem contiene múltiples descripciones de sustancias y moléculas pequeñas con menos de 100 átomos y 1000 enlaces. Más de 80 proveedores de bases de datos contribuyen a la creciente base de datos PubChem. [2]
Historia
PubChem se lanzó en 2004 como componente del Programa de Bibliotecas Moleculares (MLP) del NIH. En noviembre de 2015, PubChem contiene más de 150 millones de descripciones de sustancias proporcionadas por los depositantes, 60 millones de estructuras químicas únicas y 225 millones de resultados de pruebas de actividad biológica (de más de 1 millón de experimentos de ensayo realizados en más de 2 millones de moléculas pequeñas que cubren casi 10.000 especies únicas). secuencias de proteínas diana que corresponden a más de 5.000 genes). También contiene ensayos de detección de interferencia de ARN (ARNi) que se dirigen a más de 15.000 genes. [3]
En agosto de 2018, PubChem contiene 247,3 millones de descripciones de sustancias y 96,5 millones de estructuras químicas únicas, aportadas por 629 fuentes de datos de 40 países. También contiene 237 millones de resultados de pruebas de bioactividad de 1,25 millones de ensayos biológicos, que cubren más de 10.000 secuencias de proteínas diana. [4]
A partir de 2020, con la integración de datos de más de 100 fuentes nuevas, PubChem contiene más de 293 millones de descripciones de sustancias proporcionadas por los depositantes, 111 millones de estructuras químicas únicas y 271 millones de puntos de datos de bioactividad de 1,2 millones de experimentos de ensayos biológicos. [5]
Bases de datos
PubChem consta de tres bases de datos primarias que crecen dinámicamente. A partir del 5 de noviembre de 2020 (el número de bioensayos no ha cambiado):
- Compuestos, 111 millones de entradas [5] (frente a 94 millones de entradas en 2017 [4] ), contienen compuestos químicos puros y caracterizados. [6]
- Sustancias, 293 millones de entradas [5] (frente a 236 millones de entradas en 2017 [7] y 163 millones en septiembre de 2014 [8] ), también contienen mezclas, extractos , complejos y sustancias no caracterizadas.
- BioAssay, la bioactividad es el resultado de 1,25 millones [9] (frente a 6000 en septiembre de 2014 [10] ) programas de detección de alto rendimiento con varios millones de valores.
buscando
Es posible buscar en las bases de datos una amplia gama de propiedades, incluida la estructura química, los fragmentos de nombres, la fórmula química , el peso molecular , XLogP y el recuento de donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno .
PubChem contiene su propio editor de moléculas en línea con soporte SMILES /SMARTS e InChI que permite la importación y exportación de todos los formatos de archivos químicos comunes para buscar estructuras y fragmentos.
Cada visita proporciona información sobre sinónimos, propiedades químicas, estructura química, incluidas cadenas SMILES e InChI, bioactividad y enlaces a compuestos estructuralmente relacionados y otras bases de datos del NCBI como PubMed .
En el formulario de búsqueda de texto, se pueden buscar los campos de la base de datos agregando el nombre del campo entre corchetes al término de búsqueda. Un rango numérico está representado por dos números separados por dos puntos. Los términos de búsqueda y los nombres de los campos no distinguen entre mayúsculas y minúsculas. Se pueden utilizar paréntesis y los operadores lógicos AND, OR y NOT. Se supone AND si no se utiliza ningún operador.
Ejemplo ( regla de cinco de Lipinski ):
0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]
Campos de base de datos
Ver también
- Base de datos química
- CAS Common Chemistry: dirigido por la Sociedad Química Estadounidense
- Base de datos comparativa de toxicogenómica , dirigida por la Universidad Estatal de Carolina del Norte
- ChEMBL - dirigido por el Instituto Europeo de Bioinformática
- ChemSpider : dirigido por la Real Sociedad de Química del Reino Unido
- DrugBank - dirigido por la Universidad de Alberta
- IUPAC - dirigido por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC), con sede en Suiza
- Moltable: dirigido por el Laboratorio Químico Nacional de la India
- PubChem - dirigido por el Instituto Nacional de Salud, EE.UU.
- BindingDB - dirigido por la Universidad de California, San Diego
- SCRIPDB - dirigido por la Universidad de Toronto, Canadá
- Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI): dirigido por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
- Entrez - dirigido por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
- GenBank : administrado por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
Referencias
- ^ Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Cheng, Tiejun; Zhang, Jian; Gindulyte, Asta; Bolton, Evan E. (9 de agosto de 2019). "PUG-View: acceso programático a anotaciones químicas integradas en PubChem". Revista de quimioinformática . 11 (1): 56. doi : 10.1186/s13321-019-0375-2 . PMC 6688265 . PMID 31399858.
- ^ "Información fuente de PubChem". El proyecto PubChem . Estados Unidos: Centro Nacional de Información Biotecnológica.
- ^ Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Cheng, Tiejun; Yu, Bo; Zapatero, Benjamín A.; Wang, Jiyao; Bolton, Evan E.; Wang, Yanli; Bryant, Stephen H. (2016). "Información literaria en PubChem: asociaciones entre registros de PubChem y artículos científicos". Revista de quimioinformática . 8 : Artículo 32. doi : 10.1186/s13321-016-0142-6 . PMC 4901473 . PMID 27293485.
- ^ ab "Resultados de búsqueda para todos los compuestos" . Consultado el 28 de enero de 2016 .
- ^ abc Kim, Sunghwan; Chen, Jie; Cheng, Tiejun; Gindulyte, Asta; Él, Jia; Él, Siqian; Li, Qingliang; Zapatero, Benjamín A; Thiessen, Paul A; Yu, Bo; Zaslavsky, Leonid; Zhang, Jian; Bolton, Evan E (8 de enero de 2021). "PubChem en 2021: nuevo contenido de datos e interfaces web mejoradas". Investigación de ácidos nucleicos . 49 (D1): D1388 – D1395. doi : 10.1093/nar/gkaa971 . PMC 7778930 . PMID 33151290.
- ^ "todos [filt] - Resultados de compuestos de PubChem". El proyecto PubChem . Estados Unidos: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 7 de enero de 2011 .
- ^ "todos [filt] - Resultados de sustancias de PubChem". El proyecto PubChem . Estados Unidos: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 28 de enero de 2016 .
- ^ "todos [filt] - Resultados de sustancias de PubChem". El proyecto PubChem . Estados Unidos: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 7 de enero de 2011 .
- ^ "todos [filt] - Resultados del bioensayo de PubChem". El proyecto PubChem . Estados Unidos: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 28 de enero de 2016 .
- ^ "todos [filt] - Resultados del bioensayo de PubChem". El proyecto PubChem . Estados Unidos: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 7 de enero de 2011 .
- ^ Cheng T (noviembre de 2007). "Cálculo de coeficientes de partición octanol-agua guiando un modelo aditivo con conocimiento". Revista de información y modelado químico . 47 (6): 2140–2148. doi :10.1021/ci700257y. PMID 17985865.
enlaces externos
PubChem CID (P662) (ver usos )