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Proyecto Proteoma Humano

El Proyecto Proteoma Humano [1] ( HPP ) es un esfuerzo colaborativo coordinado por la Organización Proteoma Humano . [2] Su objetivo declarado es observar experimentalmente todas las proteínas producidas por las secuencias traducidas del genoma humano .

Historia

La Organización del Proteoma Humano ha servido como organismo coordinador de muchos proyectos de investigación proteómica de larga duración asociados con tejidos humanos específicos de interés clínico, como el plasma sanguíneo , [3] el hígado , [4] el cerebro [5] y la orina . [6] También ha sido responsable de proyectos asociados con tecnología específica [7] y estándares [8] necesarios para el estudio a gran escala de las proteínas.

La estructura y los objetivos de un proyecto más amplio que sería paralelo al Proyecto Genoma Humano han sido debatidos en la literatura científica. [9] [10] [11] [12] [13] Los resultados de este debate y una serie de reuniones en los Congresos Mundiales de la Organización del Proteoma Humano en 2009, 2010 y 2011 han sido la decisión de definir el Proyecto del Proteoma Humano como compuesto por dos subproyectos, C-HPP y B/D-HPP. [14] El C-HPP se organizará en 25 grupos, uno por cada cromosoma humano. El B/D-HPP se organizará en grupos según la relevancia biológica y patológica de las proteínas. [15]

Proyectos y grupos

A continuación se enumeran los grupos de trabajo actuales, en orden del cromosoma a estudiar.

Recursos computacionales

Eric Deutsch, del Instituto de Biología de Sistemas de Seattle (EE. UU.), se encarga de la reducción, el análisis y la validación de los resultados de la proteómica basada en MS/MS ( PeptideAtlas ). Kalle von Feilitzen, de Estocolmo (Suecia) ( Human Protein Atlas ) se encarga de la coordinación del manejo de los datos asociados a los métodos de anticuerpos. Lydie Lane, del SIB (Ginebra, Suiza) ( NeXtProt ) se encarga de la integración general y la generación de informes . Todos los datos generados como parte de las contribuciones de HPP se depositan en uno de los repositorios de ProteomeXchange. [ cita requerida ]

Estado actual

Se publican periódicamente actualizaciones sobre el Proyecto Proteoma Humano, por ejemplo, en el Journal of Proteome Research (2014). [16] Se han publicado métricas para el nivel de confianza asociado con las observaciones de proteínas [17], así como una "MissingProteinPedia". [18] [19]

Basándose en una comparación de nueve portales de anotación importantes, se obtuvo una distribución de los recuentos de proteínas humanas de 21.819 a 18.891 (en 2017). [20] Las métricas de 2021 del HPP muestran que ahora se ha detectado de manera creíble la expresión de proteínas del 92,8 % de las proteínas predichas codificadas en el genoma humano. [21]

Véase también

Referencias

  1. ^ Legrain, P.; Aebersold, Rued; Kumar, Bala; Beretta, Laura; Costello, Catherine E.; Borchers, Christoph H.; Corthals, Garry L. (29 de abril de 2011). "El proyecto del proteoma humano: estado actual y dirección futura". Molecular & Cellular Proteomics . 10 (7): M111.009993. doi : 10.1074/mcp.M111.009993 . PMC 3134076 . PMID  21742803. 
  2. ^ "1er Congreso Mundial de HUPO (Organización del Proteoma Humano)". Mol Cell Proteomics . 9 (9). Sociedad Estadounidense de Bioquímica y Biología Molecular : 651–752. Septiembre de 2002. PMID  12474872.
  3. ^ Omenn, Gilbert S.; States, David J.; Adamski, Marcin; Blackwell, Thomas W.; Menon, Rajasree; Hermjakob, Henning; Apweiler, Rolf; Haab, Brian B.; Simpson, Richard J.; Eddes, James S.; Kapp, Eugene A.; Moritz, Robert L.; Chan, Daniel W.; Rai, Alex J.; Admon, Arie (agosto de 2005). "Descripción general del Proyecto del proteoma plasmático de HUPO: resultados de la fase piloto con 35 laboratorios colaboradores y múltiples grupos analíticos, generando un conjunto de datos central de 3020 proteínas y una base de datos disponible públicamente". Proteómica . 5 (13): 3226–3245. doi :10.1002/pmic.200500358. hdl : 2027.42/86605 . Revista  de Biología  Molecular y Genética  .
  4. ^ He, Fuchu (diciembre de 2005). "Proyecto del proteoma hepático humano: plan, progreso y perspectivas". Molecular & Cellular Proteomics . 4 (12): 1841–1848. doi : 10.1074/mcp.R500013-MCP200 . ISSN  1535-9476. PMID  16118399. S2CID  34735692.
  5. ^ Hamacher, Michael; Stephan, Christian; Hardt, Tanja; Eisenacher, Martin; Henkel, Andreas; Wiltfang, Jens; Jimenez, Connie R.; Park, Young Mok; Marcus, Katrin; Meyer, Helmut E. (mayo de 2008). "Aplicaciones en proteómica cerebral: 8(th) HUPO Brain Proteome Project Workshop 7 de octubre de 2007, Seúl, Corea". Proteómica . 8 (9): 1750–1753. doi :10.1002/pmic.200701120. ISSN  1615-9861. PMID  18384107. S2CID  20622786.
  6. ^ Yamamoto, Tadashi; Langham, Robyn G.; Ronco, Pierre; Knepper, Mark A.; Thongboonkerd, Visith (junio de 2008). "Hacia protocolos y directrices estándar para la proteómica de la orina: un informe sobre el simposio y taller del Proyecto del proteoma de la orina y el riñón humano (HKUPP), 6 de octubre de 2007, Seúl, Corea y 1 de noviembre de 2007, San Francisco, CA, EE. UU." Proteómica . 8 (11): 2156–2159. doi :10.1002/pmic.200800138. ISSN  1615-9861. PMID  18528840. S2CID  13764796.
  7. ^ Uhlen, Mathias; Ponten, Fredrik (abril de 2005). "Proteómica basada en anticuerpos para la elaboración de perfiles de tejidos humanos". Molecular & Cellular Proteomics . 4 (4): 384–393. doi : 10.1074/mcp.R500009-MCP200 . ISSN  1535-9476. PMID  15695805. S2CID  16391377.
  8. ^ Orchard, Sandra; Taylor, Chris; Hermjakob, Henning; Zhu, Weimin; Julian, Randall; Apweiler, Rolf (agosto de 2004). "Estado actual del desarrollo de estándares proteómicos". Expert Review of Proteomics . 1 (2): 179–183. doi :10.1586/14789450.1.2.179. ISSN  1744-8387. PMID  15966812. S2CID  21359913.
  9. ^ Archakov, Alexander; Bergeron, John JM; Khlunov, Alexander; Lisitsa, Andrey; Paik, Young-Ki (septiembre de 2009). "El taller del Proyecto del Proteoma Humano HUPO de Moscú". Molecular & Cellular Proteomics . 8 (9): 2199–2200. doi : 10.1074/mcp.H900009-MCP200 . ISSN  1535-9484. PMC 2742447 . PMID  19734150. 
  10. ^ Baker, Mark S. (diciembre de 2009). "Construyendo el proyecto 'práctico' del proteoma humano: el próximo gran paso en proteómica básica y clínica". Current Opinion in Molecular Therapeutics . 11 (6): 600–602. ISSN  2040-3445. PMID  20077630.
  11. ^ "El llamado del proteoma humano". Nature Methods . 7 (9): 661. Septiembre 2010. doi : 10.1038/nmeth0910-661 . ISSN  1548-7105. PMID  20827799. S2CID  41368976.
  12. ^ Rabilloud, Thierry; Hochstrasser, Denis; Simpson, Richard J. (septiembre de 2010). "¿Es un proyecto de proteoma humano centrado en los genes la mejor manera de que la proteómica sirva a la biología?". Proteomics . 10 (17): 3067–3072. arXiv : 1007.5378 . doi :10.1002/pmic.201000220. ISSN  1615-9861. PMID  20648483. S2CID  14253657.
  13. ^ "Un proyecto de proteoma humano centrado en los genes: HUPO, la organización del proteoma humano". Molecular & Cellular Proteomics . 9 (2): 427–429. Febrero de 2010. doi : 10.1074/mcp.H900001-MCP200 . ISSN  1535-9484. PMC 2830851 . PMID  20124355. 
  14. ^ Paik, Young-Ki; Jeong, Seul-Ki; Omenn, Gilbert S.; Uhlen, Mathias; Hanash, Samir; Cho, Sang Yun; Lee, Hyoung-Joo; Na, Keun; Choi, Eun-Young; Yan, Fangfei; Zhang, Fan; Zhang, Yue; Snyder, Michael; Cheng, Yong; Chen, Rui (7 de marzo de 2012). "El proyecto del proteoma humano centrado en los cromosomas para catalogar las proteínas codificadas en el genoma". Nature Biotechnology . 30 (3): 221–223. doi :10.1038/nbt.2152. ISSN  1546-1696. PMID  22398612. S2CID  205276763.
  15. ^ Aebersold, Ruedi; Bader, Gary D.; Edwards, Aled M.; van Eyk, Jennifer E.; Kussmann, Martin; Qin, Jun; Omenn, Gilbert S. (4 de enero de 2013). "El proyecto del proteoma humano impulsado por la biología y la enfermedad (B/D-HPP): facilitando la investigación de proteínas para la comunidad de las ciencias de la vida". Journal of Proteome Research . 12 (1): 23–27. doi :10.1021/pr301151m. ISSN  1535-3907. PMID  23259511.
  16. ^ Paik, Young-Ki; Omenn, Gilbert S.; Thongboonkerd, Visith; Marko-Varga, Gyorgy; Hancock, William S. (3 de enero de 2014). "Proteómica de todo el genoma, Proyecto del proteoma humano centrado en los cromosomas (C-HPP), parte II". Revista de investigación del proteoma . 13 (1): 1–4. doi :10.1021/pr4011958. ISSN  1535-3907. PMID  24328071.
  17. ^ Omenn, Gilbert S.; Lane, Lydie; Lundberg, Emma K.; Beavis, Ronald C.; Nesvizhskii, Alexey I.; Deutsch, Eric W. (4 de septiembre de 2015). "Métricas para el Proyecto del Proteoma Humano 2015: Progreso en el Proteoma Humano y Pautas para la Identificación de Proteínas de Alta Confianza". Journal of Proteome Research . 14 (9): 3452–3460. doi :10.1021/acs.jproteome.5b00499. ISSN  1535-3907. PMC 4755311 . PMID  26155816. 
  18. ^ Horvatovich, Péter; Lundberg, Emma K.; Chen, Yu-Ju; Sung, Ting-Yi; He, Fuchu; Nice, Edouard C.; Goode, Robert J.; Yu, Simon; Ranganathan, Shoba; Baker, Mark S.; Domont, Gilberto B.; Velasquez, Erika; Li, Dong; Liu, Siqi; Wang, Quanhui (4 de septiembre de 2015). "Búsqueda de proteínas faltantes: actualización de 2015 sobre el proyecto del proteoma humano centrado en cromosomas" (PDF) . Journal of Proteome Research . 14 (9): 3415–3431. doi :10.1021/pr5013009. ISSN  1535-3907. PMID  26076068.
  19. ^ Baker, Mark S.; Ahn, Seong Beom; Mohamedali, Abidali; Islam, Mohammad T.; Cantor, David; Verhaert, Peter D.; Fanayan, Susan; Sharma, Samridhi; Nice, Edouard C.; Connor, Mark; Ranganathan, Shoba (24 de enero de 2017). "Aceleración de la búsqueda de las proteínas faltantes en el proteoma humano". Nature Communications . 8 : 14271. Bibcode :2017NatCo...814271B. doi :10.1038/ncomms14271. ISSN  2041-1723. PMC 5286205 . PMID  28117396. 
  20. ^ Southan, Christopher (2017). "Últimos giros del yoyo: evaluación del recuento de proteínas canónicas humanas". F1000Research . 6 : 448. doi : 10.12688/f1000research.11119.1 . ISSN  2046-1402. PMC 5428527 . PMID  28529709. 
  21. ^ Omenn, Gilbert S.; Lane, Lydie; Overol, Christopher M.; Paik, Young-Ki; Cristea, Ileana M.; Corrales, Fernando J.; Lindskog, Cecilia; Weintraub, Susan; Roehrl, Michael HA; Liu, Siqi; Bandeira, Nuno; Srivastava, Sudhir; Chen, Yu-Ju; Aebersold, Ruedi; Moritz, Robert L.; Deutsch, Eric W. (3 de diciembre de 2021). "Progreso en la identificación y análisis del proteoma humano: métricas de 2021 del Proyecto del proteoma humano HUPO". Revista de investigación del proteoma . 20 (12): 5227–5240. doi :10.1021/acs.jproteome.1c00590. PMC 9340669 . Número de modelo: PMID  34670092. Número de modelo: S2CID  239050778. 

Enlaces externos

  1. Página del proyecto HPP (www.hupo.org)
  2. Sitio web de HPP (www.thehpp.org)
  3. Sitio web HPP centrado en cromosomas (www.c-hpp.org)
  4. Sitio web de BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)