Proyecto informático voluntario de World Community Grid
El Proyecto de Plegado del Proteoma Humano ( HPF ) es un esfuerzo colaborativo entre la Universidad de Nueva York ( Bonneau Lab), el Instituto de Biología de Sistemas (ISB) y la Universidad de Washington ( Baker Lab), que utiliza el software Rosetta desarrollado por Rosetta Commons. El proyecto está gestionado por el laboratorio Bonneau.
La Fase 1 de HPF aplicó el software Rosetta v4.2x al genoma humano y otros 89, a partir de noviembre de 2004. La Fase 1 finalizó en julio de 2006. La Fase 2 de HPF (HPF2) aplica el software Rosetta v4.8x en modo de "refinamiento atómico completo" de mayor resolución, concentrándose en biomarcadores de cáncer (proteínas que se encuentran en niveles dramáticamente mayores en los tejidos cancerosos), proteínas secretadas humanas y malaria .
La fase 1 se ejecutó en dos redes informáticas voluntarias : en grid.org de United Devices y en World Community Grid , una iniciativa filantrópica de IBM . La fase 2 del proyecto se ejecutó exclusivamente en World Community Grid; finalizó en 2013 después de más de 9 años de participación de IBM. [1]
El Instituto de Biología de Sistemas utilizará los resultados de los cálculos dentro de sus esfuerzos de investigación más amplios.
Protector de pantalla WCG , fase 2 del proyecto de plegamiento del proteoma humano, que se ejecuta en el software cliente UD
Publicaciones
Malmström, Lars; Riffle, Michael; Strauss, Charlie EM; Chivian, Dylan; Davis, Trisha N.; Baker, David; Baker, D (2007), "Asignaciones de superfamilias para el proteoma de levadura a través de la integración de la predicción de la estructura con la ontología génica", PLOS Biology , 5 (4): e76, doi : 10.1371/journal.pbio.0050076 , PMC 1828141 , PMID 17373854
Drew, K; Winters, P; Butterfoss, GL; Berstis, V; Uplinger, K; Armstrong, J; Riffle, M; Schweighofer, E; Bovermann, B; Goodlett, DR; Davis, TN; Shasha, D; Malmström, L; Bonneau, R (noviembre de 2011). "El proyecto de plegamiento del proteoma: predicción de la estructura y la función a escala del proteoma". Genome Research . 21 (11): 1981–94. doi : 10.1101/gr.121475.111 . PMC 3205581 . PMID 21824995.*
Baltz, AG; Munschauer, M; Schwanhäusser, B; Vasile, A; Murakawa, Y; Schueler, M; Youngs, N; Penfold-Brown, D; Drew, K; Milek, M; Wyler, E; Bonneau, R; Selbach, M; Dieterich, C; Landthaler, M (8 de junio de 2012). "El proteoma unido al ARNm y su perfil de ocupación global en las transcripciones codificantes de proteínas". Molecular Cell . 46 (5): 674–90. doi : 10.1016/j.molcel.2012.05.021 . PMID 22681889.(Se utilizaron predicciones de funciones y enriquecimiento de pliegues) [1]
Wang, KH; Isidro, AL; Domingues, L; Eskandarian, HA; McKenney, PT; Drew, K; Grabowski, P; Chua, MH; Barry, SN; Guan, M; Bonneau, R; Henriques, AO; Eichenberger, P (noviembre de 2009). "La proteína morfogenética de la cubierta SpoVID es necesaria para el encapsulamiento de esporas en Bacillus subtilis". Microbiología molecular . 74 (3): 634–49. doi : 10.1111/j.1365-2958.2009.06886.x . PMC 2806667 . PMID 19775244.(Se utilizaron predicciones como hipótesis para una caracterización experimental adicional) [1]
^ Publicación de abc World Community Grid: actualización de HPF2, junio de 2013, archivada del original el 4 de marzo de 2016 , consultada el 14 de julio de 2015
Enlaces externos
Página de HPF en WCG
Actualizaciones del HPF por el Dr. Bonneau
El repositorio de datos públicos del Centro de recursos de levadura ofrece estructuras predichas para muchos organismos (humanos, levaduras, bacterias, fagos) producidos por el HPF.
