Comparación de software para modelado de mecánica molecular.

Esta es una lista de programas de computadora que se utilizan predominantemente para cálculos de mecánica molecular .

• GPU – GPU acelerada
• I – Tiene interfaz
• Diablillo – agua implícita
• MC – Montecarlo
• MD – Dinámica molecular
• Mín. – Optimización
• QM – Mecánica cuántica
• REM – Método de intercambio de réplicas

Ver también

• Dinámica molecular de Car-Parrinello
• Comparación de implementaciones de campos de fuerza.
• Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos.
• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• Lista de software de predicción de la estructura de proteínas.
• Lista de software de química cuántica y física del estado sólido
• Lista de software para modelado molecular Monte Carlo
• Lista de software para modelado de nanoestructuras.
• Software de diseño molecular
• Dinámica molecular
• Modelado molecular en GPU
• editor de moléculas

notas y referencias

1. "Citas de ámbar". ambermd.org . Consultado el 15 de junio de 2021 .
2. Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "Predecir la orientación de la proteína G B1 en superficies hidrofóbicas mediante simulaciones de Monte Carlo". Biointerfases . 12 (2): 02D401. doi : 10.1116/1.4971381. PMC 5148762 . PMID  27923271. 
3. Disolvente implícito: Gromacs Archivado el 29 de julio de 2014 en Wayback Machine.
4. "MAPAS". Archivado desde el original el 28 de noviembre de 2019 . Consultado el 14 de noviembre de 2016 .
5. IA Solov'yov; AVYakubovich; PV Nikolaev; I. Volkovets; AV Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer: un programa universal para simulaciones por computadora a múltiples escalas de dinámica y estructura molecular complejas". J. Computación. química . 33 (30): 2412–2439. doi :10.1002/jcc.23086. PMID  22965786. S2CID  22553279.
6. M. Harger; D. Li; Z. Wang; K. Dalby; L. Lagardère; J.-P. piquémal; J. Reflexionar; P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: energías libres alquímicas absolutas y relativas utilizando AMOEBA en GPU". Revista de Química Computacional . 38 (23): 2047-2055. doi :10.1002/jcc.24853. PMC 5539969 . PMID  28600826. 
7. L. Lagardère; L.-H. Alegre; F. Lipparini; F. Aviat; B. Stamm; ZF Jing; Sr. Harger; H. Torabifard; GA Cisneros; MJ Schnieders; N. Gresh; Y. Maday; PY Ren; JW Reflexionar; J.-P. Piquémal (2018). "Tinker-HP: un paquete de dinámica molecular masivamente paralelo para simulaciones multiescala de grandes sistemas complejos con campos de fuerza polarizables dipolo puntuales avanzados". Ciencia Química . 9 (4): 956–972. doi :10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332 . PMID  29732110. 

enlaces externos

• SINCRIS
• Linux4Química
• Proyecto Computacional Colaborativo
• Índice mundial de recursos de visualización molecular
• Lista corta de recursos de modelado molecular
• Ciencia Abierta
• Banco de datos de resonancia magnética biológica
• Modelado de materiales y códigos de simulación por ordenador.
• Algunos consejos sobre dinámica molecular
• atomistic.software: motores de simulación atomística y sus tendencias de citas