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Superfilo PVC

El superfilo PVC es un superfilo de bacterias que lleva el nombre de sus tres miembros importantes, Planctomycetota , Verrucomicrobiota y Chlamydiota . [2] [3] Cavalier-Smith postuló que las bacterias PVC probablemente perdieron o redujeron su pared celular de peptidoglicano dos veces. [4] Se ha planteado la hipótesis de que un miembro del clado PVC podría haber sido la célula huésped en el evento endosimbiótico que dio origen a la primera célula protoeucariota . [ 5] [6]

Cavalier-Smith denomina al mismo grupo Planctobacteria y lo considera un filo . Sin embargo, esto no es seguido por la comunidad científica en general. [7] En la megaclasificación bacteriana de Cavalier-Smith, se encuentra dentro del infrareino bacteriano Gracilicutes y comprende los filos Chlamydiota , Lentisphaerota , Planctomycetota , Verrucomicrobiota . [4] [8]

Firmas moleculares

Planctomycetota , Verrucomicrobiota y Chlamydiota en la visión de la filogenia molecular tradicional se consideran filos y también se agrupan en el superfilo PVC, junto con los filos candidatos Omnitrophica [12] (anteriormente OP3) y Poribacteria. [13] Se ha descubierto que un marcador molecular importante en forma de una proteína característica conservada es compartida de manera constante por los miembros de PVC, con la excepción de Poribacteria . La proteína característica conservada puede ser un marcador que representa una cualidad sinapomórfica y un medio para distinguir este grupo bacteriano. En 2014, los estudios han caracterizado esta proteína y se le ha atribuido que desempeña una importante función de mantenimiento en la unión ADN/ARN. [14] Esta observación no solo proporciona un medio para demarcar el superfilo PVC, sino que apoya firmemente una relación evolutiva compartida por este clado que es distinta de otras bacterias. [15] [16]

También se han encontrado indeles de firma conservados (CSI) específicos para Planctomycetota , Verrucomicrobiota y Chlamydiota que distinguen a cada filo respectivo entre sí y de otras bacterias. [15] [17] Se ha encontrado un inserto de tres aminoácidos en la proteína ARN polimerasa RpoB que es compartido por todas las especies secuenciadas de Verrucomicrobia, Chlamydiae y Lentisphaerae . El CSI está ausente en los Planctomycetes y Poribacteria vecinos, lo que sugiere una ascendencia común entre los grupos para los que el CSI es específico. [15]

Se han encontrado líneas de evidencia adicionales de la existencia de este clado. [18] [19] Estas incluyen la presencia de proteínas similares a la capa de membrana, tubulina , síntesis de esteroles y la presencia de ADN condensado.

Notas

Referencias

  1. ^ Cavalier-Smith, T (1987). "El origen de las células eucariotas y arqueobacterianas". Anales de la Academia de Ciencias de Nueva York . 503 (1): 17–54. Bibcode :1987NYASA.503...17C. doi :10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x. PMID  3113314. S2CID  38405158.
  2. ^ ab Wagner, M.; Horn, M. (2006). "Los filos Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y otros filos hermanos constituyen un superfilo con relevancia biotecnológica y médica". Current Opinion in Biotechnology . 17 (3): 241–249. doi :10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  3. ^ Rivas-Marín, Elena; Devos, Damien P. (1 de junio de 2018). "Los paradigmas que están cambiando: pasado, presente y futuro de la investigación sobre bacterias del PVC". Antonie van Leeuwenhoek . 111 (6): 785–799. doi :10.1007/s10482-017-0962-z. PMC 5945725 . PMID  29058138. 
  4. ^ ab Cavalier-Smith, T (2002). "El origen neomurano de las arqueobacterias, la raíz negibacteriana del árbol universal y la megaclasificación bacteriana". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
  5. ^ Forterre, Patrick (enero de 2011). "Una nueva hipótesis de fusión para el origen de Eukarya: mejor que las anteriores, pero probablemente también errónea". Investigación en microbiología . 162 (1): 77–91. doi : 10.1016/j.resmic.2010.10.005 . PMID  21034817.
  6. ^ Baum, David A; Baum, Buzz (28 de octubre de 2014). "Un origen de adentro hacia afuera para la célula eucariota". BMC Biology . 12 (1): 76. doi : 10.1186/s12915-014-0076-2 . PMC 4210606 . PMID  25350791. 
  7. ^ Krieg, NR; Ludwig, W.; Whitman, WB; Hedlund, BP; Paster, BJ; Staley, JT; Ward, N.; Brown, D.; Parte, A. (24 de noviembre de 2010) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae y Planctomycetes. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 4 (2.ª ed.). Nueva York: Springer. pág. 908. ISBN. 978-0-387-95042-6. Biblioteca Británica n.º GBA561951.
  8. ^ Cavalier-Smith T (2006). "Enraizando el árbol de la vida mediante análisis de transición". Biol. Direct . 1 (1): 19. doi : 10.1186/1745-6150-1-19 . PMC 1586193 . PMID  16834776. 
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  11. ^ Stefan Spring, Boyke Bunk, Cathrin Spröer, Peter Schumann, Manfred Rohde, Brian J Tindall y Hans-Peter Klenk (2016). La caracterización del primer representante cultivado de la subdivisión 5 de Verrucomicrobia indica la propuesta de un nuevo filo. Nature.
  12. ^ "Taxonomía - Candidatus Omnitrophica (PHYLUM)". UniProt .
  13. ^ Wagner, M.; Horn, M. (2006). "Los filos Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y otros filos hermanos constituyen un superfilo con relevancia biotecnológica y médica". Current Opinion in Biotechnology . 17 (3): 241–249. doi :10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
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  16. ^ Gupta RS (2016). "Impacto de la genómica en la comprensión de la evolución y la clasificación microbiana: la importancia de las opiniones de Darwin sobre la clasificación". FEMS Microbiol Rev . 40 (4): 520–53. doi : 10.1093/femsre/fuw011 . PMID  27279642.
  17. ^ Gupta RS, Naushad S, Chokshi C, Griffiths E, Adeolu M (2015). "Un análisis basado en marcadores moleculares y filogenómicos del filo Chlamydiae: propuesta para dividir la clase Chlamydiia en dos órdenes, Chlamydiales y Parachlamydiales ord. nov., y descripción enmendada de la clase Chlamydiia". Antonie van Leeuwenhoek . 108 (3): 765–781. doi :10.1007/s10482-015-0532-1. PMID  26179278. S2CID  17099157.
  18. ^ Wagner M, Horn M (2006). "Los filos Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y otros filos hermanos constituyen un superfilo con relevancia biotecnológica y médica". Curr. Opin. Biotechnol . 17 (3): 241–9. doi :10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
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