Juega como defensor en el Fatih Karagümrük S. K. de la TFF Primera División.
Djilobodji comenzó su carrera con ASC Saloum y ganó sus primeras tapas profesionales en la temporada 2007/08.
En el verano de 2015 es pretendido por varios clubes, entre ellos el Real Club Celta de Vigo y el Chelsea.
Papy Djilobodji fue un miembro clave del FC Nantes en la Ligue 1 durante varias temporadas y donde portó la banda de capitán en varios partidos lo que lo llevó a destacar con varios clubes europeos de alto rango como el Chelsea FC que logró su fichaje.
Djilobodji fichó por el Chelsea FC por 3,7 millones de euros.