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HUELLAS DACTILARES

En biología molecular, la base de datos PRINTS es una colección de las llamadas "huellas dactilares": [1] [2] proporciona tanto un recurso de anotación detallado para familias de proteínas como una herramienta de diagnóstico para secuencias recién determinadas. Una huella dactilar es un grupo de motivos conservados tomados de una alineación de secuencias múltiples ; juntos, los motivos forman una firma característica para la familia de proteínas alineada. Los motivos en sí mismos no son necesariamente contiguos en secuencia, pero pueden unirse en el espacio 3D para definir sitios de unión molecular o superficies de interacción. La fuerza diagnóstica particular de las huellas dactilares radica en su capacidad para distinguir diferencias de secuencia a nivel de clan, superfamilia, familia y subfamilia. Esto permite diagnósticos funcionales de grano fino de secuencias no caracterizadas, lo que permite, por ejemplo, la discriminación entre miembros de la familia sobre la base de los ligandos a los que se unen o las proteínas con las que interactúan, y destacando la oligomerización potencial o sitios alostéricos.

PRINTS es socio fundador del recurso integrado InterPro , una base de datos ampliamente utilizada de familias de proteínas, dominios y sitios funcionales.

Referencias

  1. ^ Attwood, TK ; Bradley, P.; Flower, DR; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, AL; Moulton, G.; Nordle, A.; Paine, K.; Taylor, P.; Uddin, A.; Zygouri, C. (2003). "PRINTS y ​​su suplemento automático, prePRINTS". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 400–402. doi :10.1093/nar/gkg030. PMC  165477 . PMID  12520033.
  2. ^ Scordis, P.; Flower, DR; Attwood, TK (1999). "FingerPRINTScan: búsqueda inteligente en la base de datos de motivos PRINTS". Bioinformática . 15 (10): 799–806. doi : 10.1093/bioinformatics/15.10.799 . PMID  10705433.

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