El equipo de fútbol de los Northern Illinois Huskies de 1969 representó a la Northern Illinois University como equipo independiente durante la temporada de fútbol de la División Universitaria de la NCAA de 1969. Liderados por el entrenador en jefe de primer año Doc Urich , los Huskies compilaron un récord de 3-7. El equipo jugó partidos de local en el Huskie Stadium en DeKalb, Illinois .
Este fue el primer año de Northern Illinois en el nivel más alto del fútbol universitario , después de haber hecho la transición de la División Universitaria de la NCAA a la División Universitaria de la NCAA después de la temporada anterior. Los Huskies siguieron siendo independientes durante cinco temporadas más hasta unirse a la Conferencia Mid-American (MAC) en 1975.
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