Junto a esto, el alto precio de la máquina hizo que las preferencias de los usuarios se dirigieran a las consolas de 32 bits PlayStation o Sega Saturn, tecnológicamente más avanzadas, con sus novedosos juegos en 3D, frente a una consola que aún seguía manejando exclusivamente gráficos en 2D.
La mayoría de juegos disponibles para Neo-Geo AES salieron a la venta en formato CD, con algunas excepciones (sobre todo los más modernos).
A pesar de esto, la consola contaba con 7 MB de memoria RAM, lo que permitió que las conversiones provenientes de juegos programados originalmente para Neo-Geo AES tuvieran cambios poco perceptibles, dando como resultado adaptaciones con menos sacrificios gráficos con respecto a consolas con hardware más reciente, como Playstation o Saturn, esto debido a la menor cantidad de memoria RAM con la que contaban estos equipos.
Por otra parte también hubo juegos exclusivos para Neo Geo CD como, por ejemplo, Samurai Shodown RPG/Samurai Spirits RPG o Crossed Swords 2.
Luego se optó por fabricar un modelo con carga manual superior para abaratar los costes y que es la versión más conocida.