Cada una de sus tres plantas está dedicada a un tema diferente:
Una colección de cráneos de los inicios del museo.
Planta baja. Sala Asia, dedicada especialmente a la cultura de Filipinas , colonia española hasta 1898, con numerosos objetos procedentes de una exposición de 1885 en el cercano Parque del Retiro. También dedica salas laterales a exposiciones temporales y un gabinete de curiosidades que muestra una reproducción de las primeras exposiciones, incluyendo un molde de yeso y el esqueleto del "Gigante extremeño" (Agustín Luengo Capilla), y estatuas y moldes de yeso de varios tipos raciales.
Primera planta. Sala África, con una destacada representación de la cultura de Guinea Ecuatorial , colonia española hasta 1959.
Un ejemplo peruano de pintura de castas , que muestra a un mestizo como descendiente de padres mestizos.
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