La Functional GEnomics Data Society ( FGED ) (antes conocida como MGED Society ) era una organización internacional sin fines de lucro, dirigida por voluntarios, compuesta por biólogos, científicos informáticos y analistas de datos, cuyo objetivo era facilitar el descubrimiento biológico y biomédico a través de la integración de datos. El enfoque de la FGED era promover el intercambio de datos de investigación básica generados principalmente a través de tecnologías de alto rendimiento que generan grandes conjuntos de datos dentro del dominio de la genómica funcional .
Los miembros de la Sociedad FGED trabajaron con otras organizaciones para apoyar el intercambio efectivo y la reproducibilidad de datos de genómica funcional; facilitar la creación de estándares y herramientas de software que aprovechen los estándares; y promover el intercambio de datos de alta calidad y bien anotados dentro de las comunidades de ciencias de la vida y biomédicas .
Fundada en 1999 como la "Sociedad de Datos de Expresión Génica de Microarrays (MGED)", esta organización cambió su nombre a "Sociedad de Datos de Genómica Funcional" en 2010 para reflejar el hecho de que ha ampliado su enfoque más allá de la aplicación de microarrays de ADN para el análisis de la expresión genética para incluir tecnologías como la secuenciación de alto rendimiento . [ cita requerida ] El alcance de la Sociedad FGED incluye datos generados utilizando cualquier tecnología de genómica funcional cuando se aplica a estudios a escala del genoma de expresión genética, unión, modificación y otras aplicaciones relacionadas.
En septiembre de 2021, la Sociedad FGED cesó sus operaciones. [1]
La Sociedad FGED se formó en 1999 en una reunión sobre bases de datos de expresión genética de microarrays en reconocimiento de la necesidad de establecer estándares para compartir y almacenar datos de experimentos de microarrays de ADN . [ cita requerida ] Originalmente llamada "Sociedad MGED", la sociedad comenzó con un enfoque en microarrays de ADN y datos de expresión genética .
La Sociedad MGED original se constituyó en 2002 como una organización de beneficio público sin fines de lucro con el título de Microarray Gene Expression Data Society y obtuvo el estatus de organización benéfica permanente en 2007. [ cita requerida ] El nombre de MGED se cambió legalmente en 2007 a Microarray and Gene Expression Data Society para enfatizar un alcance más amplio.
En septiembre de 2008, la Sociedad decidió promocionarse simplemente como Sociedad MGED para ampliar el alcance de la Sociedad más allá de la tecnología de microarrays y las aplicaciones de expresión genética, pero aún así conservar el valor reconocido del nombre MGED dentro de la comunidad. [ cita requerida ]
En julio de 2010, la sociedad votó para cambiar su nombre a "Functional Genomics Data (FGED) Society" para reflejar su misión actual, que va más allá de los microarrays y la expresión genética para abarcar datos generados utilizando cualquier tecnología de genómica funcional aplicada a estudios a escala genómica de expresión genética, unión , modificación (como la metilación del ADN ) y otras aplicaciones relacionadas. Esto se anunció formalmente el 14 de julio de 2010 en la reunión anual "MGED13" de la sociedad. [2]
Los miembros de la junta directiva y los funcionarios de la Sociedad FGED se eligen anualmente en mayo y comienzan a ejercer sus funciones en junio. Los presidentes de la Sociedad FGED y sus períodos de mandato son los siguientes:
La Junta Directiva y el Consejo Asesor del FGED están formados por voluntarios del mundo académico, la industria, el gobierno y las revistas científicas que representan una muestra representativa de quienes generan, analizan, archivan y publican en el área de la genómica funcional. Aunque no existe una membresía formal, los asistentes a las reuniones anuales del FGED se consideran parte de la comunidad del FGED.
Hasta la fecha, FGED ha elaborado una variedad de especificaciones de estándares relacionadas con los experimentos de microarrays de ADN. Estos estándares están diseñados para mejorar la anotación, la comunicación y el intercambio de datos y hallazgos de dichos experimentos dentro de la comunidad de investigación de las ciencias biológicas.
La información mínima sobre un experimento de secuenciación de alto rendimiento (MINSEQE) es un estándar de información mínima de contenido de datos que describe la información esencial necesaria para documentar adecuadamente un experimento de secuenciación de alto rendimiento con el propósito de interpretar y replicar los resultados. [3]
MIAME (Minimal Information About a Microarray Experiment) es un estándar de contenido de datos que describe la información esencial necesaria para documentar adecuadamente un experimento de microarray de ADN con el fin de interpretar y replicar los resultados. Fue el primer ejemplo publicado de un estándar de información mínima para experimentos de alto rendimiento en las ciencias de la vida y, como tal, sentó las bases para estándares similares en otros dominios de las biociencias.
MAGE-OM (MicroArray Gene Expression Object Model) es un estándar de intercambio y modelado de datos que se utiliza para codificar datos de experimentos con microarrays con el fin de exportarlos e importarlos a herramientas de software y bases de datos mediante archivos XML . MAGE-OM es un modelo independiente de la plataforma implementado en el formato MAGE-ML basado en XML.
Se ha desarrollado una nueva versión, MAGE-TAB , para que los productores de datos puedan entenderla y generarla más fácilmente, ya que está en un formato ( delimitado por tabulaciones ) que se puede visualizar y editar utilizando software de hojas de cálculo ampliamente disponible, como Microsoft Excel . [4]
La ontología MGED (MO) proporciona una terminología estándar para describir los componentes de un experimento de microarrays de ADN. [5] La ontología para investigaciones biomédicas (OBI) se está desarrollando como reemplazo de la MO. Se encuentra disponible una correspondencia de los términos de ontología de MO a OBI. [6]
Un componente importante del esfuerzo de la Sociedad FGED ha sido la reunión anual de la FGED para mostrar trabajos científicos de vanguardia y promover estándares. [7]
La Sociedad FGED ha celebrado su reunión anual en lugares de todo el mundo desde 1999, coordinándose con una organización científica local que proporciona espacio para charlas, sesiones de carteles, talleres y tutoriales.
A continuación se incluye una lista de las fechas y lugares de las reuniones anuales de la Sociedad FGED. [8] Todas las reuniones de 2010 y anteriores se llevaron a cabo bajo el nombre de "Sociedad MGED".