Machinae Supremacy fue formada en el verano del 2000 por Robert Stjärnström, Kahl Hellmer y Jonas Rörling.
El nombre de la banda existía desde antes, pero solo unos meses más tarde encontraron el camino que querían seguir.
Tobbe fue una gran ayuda para la banda en los primeros años, pero en 2002 la dejó, siendo reemplazado por Tomas Nilsén, viejo amigo de Robert.
Posteriormente, Kahl se mudó fuera de Luleå, y al no poder continuar en el grupo fue reemplazado por Johan Palovaara.
Más tarde, Machinae Supremacy empezó a rediseñar su página electrónica, dividiendo los antiguos temas gratuitos en 3 discos llamados Fury, Arcade y Origin, además de la publicación de los nuevos archivos en formato FLAC.