Durante la Segunda Guerra de Schleswig , las fortificaciones de Danevirke fueron evacuadas por el ejército danés en 1864. Esto marcó el último uso militar de la antigua estructura de defensa de Danevirke , que ha permanecido en posesión alemana desde entonces.
Debido al emotivo simbolismo nacionalista, la opinión pública en Dinamarca había esperado que la batalla que se avecinaba tuviera lugar en Danevirke. Las fortificaciones ya estaban bajo ataque, pero no se produjo ninguna batalla allí, excepto algunas escaramuzas tempranas en las inmediaciones justo al sur de ellas, ya que el comandante en jefe danés, el general de Meza , retiró sus fuerzas a las trincheras en Dybbøl . El general De Meza temía ser flanqueado, ya que el Schlei y los humedales entre Danevirke y Husum se habían congelado en un duro invierno, y porque el territorio inmediatamente frente a Danevirke ya había caído en manos alemanas.
Esta retirada fue una sorpresa para el ejército austroprusiano y casi todo el ejército danés logró completar la evacuación. Sin embargo, tuvo como resultado el abandono de importantes piezas de artillería pesada y sigue siendo un tema de debate histórico por qué el ferrocarril a Flensburg nunca se utilizó adecuadamente para la evacuación.
La noticia de la retirada supuso un gran shock para la opinión pública danesa, que consideraba que el Danevirke era inexpugnable, y el general de Meza fue rápidamente relevado de su mando.