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Kit de desarrollo de química

El Chemistry Development Kit ( CDK ) es un software informático , una biblioteca en el lenguaje de programación Java , para quimioinformática y bioinformática . [4] [5] Está disponible para Windows , Linux , Unix y macOS . Es un software gratuito y de código abierto distribuido bajo la Licencia pública general reducida (LGPL) 2.0 de GNU.

Historia

El CDK fue creado por Christoph Steinbeck , Egon Willighagen y Dan Gezelter, entonces desarrolladores de Jmol y JChemPaint , para proporcionar una base de código común, del 27 al 29 de septiembre de 2000 en la Universidad de Notre Dame . La primera publicación del código fuente se realizó el 11 de mayo de 2011. [6] Desde entonces, más de 100 personas han contribuido al proyecto, [7] dando lugar a un rico conjunto de funciones, como se detalla a continuación. Entre 2004 y 2007, CDK News fue el boletín del proyecto cuyos artículos están disponibles en un archivo público. [8] Debido a un ritmo inestable de contribuciones, el boletín quedó en suspenso.

Posteriormente, se introdujeron las pruebas unitarias, la verificación de la calidad del código y la validación de Javadoc . Rajarshi Guha desarrolló un sistema de construcción nocturno, llamado Nightly, que todavía está funcionando en la Universidad de Uppsala . [9] En 2012, el proyecto se convirtió en un apoyo de InChI Trust , para fomentar el desarrollo continuo. La biblioteca utiliza JNI-InChI [10] para generar identificadores químicos internacionales (InChI). [11] En abril de 2013, John Mayfield (né May) se unió a las filas de gerentes de lanzamiento de CDK, para manejar la rama de desarrollo. [12]

Biblioteca

El CDK es una biblioteca, en lugar de un programa de usuario. Sin embargo, se ha integrado en varios entornos para que sus funciones estén disponibles. CDK se utiliza actualmente en varias aplicaciones, incluido el lenguaje de programación R , [13] CDK-Taverna (un complemento del banco de trabajo de Taverna ), [14] Bioclipse , PaDEL, [15] y Cinfony. [16] Además, existen extensiones CDK para Konstanz Information Miner ( KNIME ) [17] y para Excel , llamadas LICSS ([1]). [18]

En 2008, se eliminaron de la biblioteca fragmentos de código con licencia GPL. Si bien esos bits de código eran independientes de la biblioteca CDK principal y no implicaban copylefting, para reducir las confusiones entre los usuarios, se creó una instancia del proyecto ChemoJava. [19]

Características principales

Quimioinformática

Bioinformática

General

Ver también

Scholia tiene un perfil de tema para el kit de desarrollo de química .

Referencias

  1. ^ "El kit de desarrollo de química: explorar /OldFiles en SourceForge.net".
  2. ^ "cdk/cdk: CDK 2,8". ZENODO . 2022-09-14. doi :10.5281/zenodo.7079512.
  3. ^ Mayfield, Juan; Willighagen, Egon; Ujihara, Kazuya; Rahman, Syed Asad; Alvarsson, Jonathan; Gražulis, Saulio; Szisz, Daniel; Williamson, Mark J.; Kochev, Nikolay; Jeliazkova, Nina; Bach, Eric; Berg, Arvid; Clark, Alex; Esteban, Ralf; Wenk, Michael; Stueker, Oliver; Jönsson, Klas; Burgoon, Lyle; Katsubo, Dmitry; Kohler, Uli; Harmon, Cyrus (30 de octubre de 2018). "Cdk/Cdk: Cdk 2.2". Zenodo . doi :10.5281/zenodo.1474247.
  4. ^ Steinbeck, C.; Han, YQ; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, EL (2003). "The Chemistry Development Kit (CDK): una biblioteca Java de código abierto para quimio y bioinformática". Revista de Información Química y Ciencias de la Computación . 43 (2): 493–500. doi :10.1021/ci025584y. PMC 4901983 . PMID  12653513. 
  5. ^ Willighagen, Egon L.; Mayfield, John W.; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomaš; Rojas-Chertó, Miquel (06-06-2017). "El kit de desarrollo químico (CDK) v2.0: tipificación de átomos, representación, fórmulas moleculares y búsqueda de subestructuras". Revista de quimioinformática . 9 (1): 33. doi : 10.1186/s13321-017-0220-4 . ISSN  1758-2946. PMC 5461230 . PMID  29086040. 
  6. ^ "El kit de desarrollo de química: explorar /OldFiles en SourceForge.net".
  7. ^ "El kit de desarrollo químico (CDK)". GitHub . 12 de octubre de 2021.
  8. ^ "El kit de desarrollo de química: explore las noticias de CDK en SourceForge.net".
  9. ^ "Compilación nocturna de CDK 1.5.x - 10 de mayo de 2013 (21:21) [Confirmar 2abcb5d61304e58d55ea26a23ebd0d375deea36d]". Archivado desde el original el 24 de mayo de 2013 . Consultado el 5 de agosto de 2013 .
  10. ^ "Inicio". jni-inchi.sourceforge.net .
  11. ^ Spjuth, O.; Berg, A.; Adams, S.; Willighagen, EL (2013). "Aplicaciones del InChI en quimioinformática con CDK y Bioclipse". Revista de quimioinformática . 5 (1): 14. doi : 10.1186/1758-2946-5-14 . PMC 3674901 . PMID  23497723. 
  12. ^ "John May es ahora administrador de versiones de CDK 1.5.x".
  13. ^ Guha, R. (2007). "Funcionalidad de la informática química en R". Revista de software estadístico . 18 (5): 1–16. doi : 10.18637/jss.v018.i05 .
  14. ^ Kuhn, T.; Willighagen, EL; Zielesny, A.; Steinbeck, C. (2010). "CDK-Taverna: un entorno de flujo de trabajo abierto para quimioinformática". Bioinformática BMC . 11 : 159. doi : 10.1186/1471-2105-11-159 . PMC 2862046 . PMID  20346188. 
  15. ^ Sí, CW (2011). "PaDEL-descriptor: un software de código abierto para calcular descriptores moleculares y huellas dactilares". Revista de Química Computacional . 32 (7): 1466–74. doi : 10.1002/jcc.21707 . PMID  21425294. S2CID  206032727.
  16. ^ O'Boyle, Noel M (2008). "Cinfony: combina kits de herramientas de quimioinformática de código abierto detrás de una interfaz común". Revista Central de Química . 2 (1): 24. doi : 10.1186/1752-153X-2-24 . PMC 2646723 . PMID  19055766. 
  17. ^ Beisken, S.; Meinl, T.; Wiswedel, B.; De Figueiredo, LF; Bertoldo, M.; Steinbeck, C. (2013). "KNIME-CDK: quimioinformática basada en flujos de trabajo". Bioinformática BMC . 14 : 257. doi : 10.1186/1471-2105-14-257 . PMC 3765822 . PMID  24103053. 
  18. ^ Lawson, KR; Lawson, J. (2012). "LICSS: una hoja de cálculo química en Microsoft Excel". Revista de quimioinformática . 4 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-4-3 . PMC 3310842 . PMID  22301088. 
  19. ^ QuimioJava
  20. ^ Berger, Franziska; Flamm, Christoph; Gleiss, Petra M.; Leydold, Josef; Stadler, Peter F. (marzo de 2004). "Contraejemplos en la percepción de anillos químicos". Revista de Información Química y Ciencias de la Computación . 44 (2): 323–331. doi :10.1021/ci030405d. PMID  15032507.
  21. ^ Mayo, John W; Steinbeck, Christoph (2014). "Percepción de anillo eficiente para el kit de desarrollo químico". Revista de quimioinformática . 6 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-6-3 . PMC 3922685 . PMID  24479757. 
  22. ^ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, EL (2006). "Desarrollos recientes del kit de desarrollo químico (CDK): una biblioteca Java de código abierto para quimio y bioinformática". actual. Farmacéutica. Des . 12 (17): 2111–20. doi :10.2174/138161206777585274. hdl : 2066/35445 . PMID  16796559. Archivado desde el original el 25 de julio de 2011.
    Guangli, M.; Yiyu, C. (2006). "Predicción de la permeabilidad de Caco-2 utilizando una máquina de vectores de soporte y un kit de desarrollo químico". J Pharm Pharm Ciencia . 9 (2): 210–21. PMID  16959190.
  23. ^ Clark, Alex M; Sarker, Malabika ; Ekins, Sean (2014). "Nuevas herramientas de visualización y predicción de objetivos que incorporan huellas dactilares moleculares de código abierto para TB Mobile 2.0". Revista de quimioinformática . 6 : 38. doi : 10.1186/s13321-014-0038-2 . PMC 4190048 . PMID  25302078. 
  24. ^ Peironcely, JE; Rojas-Chertó, M.; Fichera, D.; Reijmers, T.; Coulier, L.; Faulon, JL; Hankemeier, T. (2012). "Dios mío: generador de moléculas abiertas". Revista de quimioinformática . 4 (1): 21. doi : 10.1186/1758-2946-4-21 . PMC 3558358 . PMID  22985496. 
  25. ^ Bashton, M.; Nobeli, I.; Thornton, JM (2006). "Mapeo de dominios de ligandos afines para enzimas". Revista de biología molecular . 364 (4): 836–52. doi : 10.1016/j.jmb.2006.09.041 . PMID  17034815.
  26. ^ Rojas-Cherto, M.; Kasper, PT; Willighagen, EL; Vreeken, RJ; Hankemeier, T.; Reijmers, TH (2011). "Determinación de la composición elemental basada en MSn". Bioinformática . 27 (17): 2376–2383. doi : 10.1093/bioinformática/btr409 . PMID  21757467.
  27. ^ Ruiz-Blanco, Yasser B; Paz, Waldo; Verde, James; Marrero-Ponce, Yovani (2015). "ProtDCal: un programa para calcular descriptores numéricos de uso general para secuencias y estructuras 3D de proteínas". Bioinformática BMC . 16 : 162. doi : 10.1186/s12859-015-0586-0 . PMC 4432771 . PMID  25982853. 

enlaces externos