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Lenguaje de marcado químico

El lenguaje de marcado químico ( ChemML o CML ) es un enfoque para gestionar información molecular utilizando herramientas como XML y Java . [1] Fue la primera implementación específica de dominio basada estrictamente en XML , primero basada en un DTD [2] y más tarde en un esquema XML , [3] el sistema más robusto y ampliamente utilizado para la gestión precisa de información en muchas áreas. Ha sido desarrollado durante más de una década por Murray-Rust , Rzepa y otros y ha sido probado en muchas áreas y en una variedad de máquinas.

La información química se almacena tradicionalmente en muchos tipos de archivos diferentes, lo que impide la reutilización de los documentos. CML utiliza la portabilidad de XML para ayudar a los desarrolladores y químicos de CML a diseñar documentos interoperables. Hay varias herramientas que pueden generar, procesar y visualizar documentos CML. Los editores pueden distribuir la química dentro de documentos XML utilizando CML, por ejemplo, en documentos RSS . [4]

CML es capaz de soportar una amplia gama de conceptos químicos, incluidos:

Los detalles del CML y los puntos actualmente en discusión ahora están publicados en el blog del CML.

Control de versiones

Las versiones del esquema están disponibles en SourceForge . A partir de abril de 2012, el esquema congelado más reciente es CML v2.4. Algunas construcciones de CML v1 ya no se utilizan.

Herramientas

JUMBO comenzó como el Navegador Molecular Universal de Java para Objetos, pero ahora es una biblioteca Java que admite la validación, lectura y escritura de CML, así como la conversión de varios formatos heredados a CML y, por ejemplo, una reacción en CML a una representación SVG animada de la reacción. [7] JUMBO ha evolucionado hasta convertirse en una extensa biblioteca Java, CMLDOM, [8] que admite todos los elementos del esquema. [9] Aunque JUMBO solía ser un navegador, el enfoque preferido es utilizar las herramientas de código abierto Jmol y JChemPaint , algunas de las cuales utilizan bibliotecas CML alternativas. [10] Consulte Blue Obelisk .

Soporte de software

Software que importa y exporta un formato CML válido

Véase también

Referencias

  1. ^ Murray-Rust, Peter; Rzepa, Henry S (2011). "CML: evolución y diseño". Revista de quimioinformática . 3 (1): 44. doi : 10.1186/1758-2946-3-44 . PMC  3205047 . PMID  21999549.
  2. ^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (1999), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 1. Principios básicos", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 39 (6): 928–942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275 , doi :10.1021/ci990052b 
  3. ^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2003), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 4. Esquema CML", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 43 (3): 757–772, doi :10.1021/ci0256541, PMID  12767134
  4. ^ Gkoutos, GV; Murray-Rust, P.; Rzepa, S.; Wright, M. (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 3. Hacia una red química semántica firmada de confianza", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1124–1130, doi :10.1021/ci000406v, PMID  11604013
  5. ^ Holliday, GL; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2006), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. Parte 6. CMLReact; un vocabulario XML para reacciones químicas", J. Chem. Inf. Model. , 46 (1): 145–157, doi :10.1021/ci0502698, PMID  16426051
  6. ^ Kuhn, S.; Helmus, T.; Lancashire, RJ; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Steinbeck, C.; Willighagen, EL (2007), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 7. CMLSpect, un vocabulario XML para datos espectrales", J. Chem. Inf. Model. , 47 (6): 2015–2034, doi :10.1021/ci600531a, PMID  17887743
  7. ^ JUMBO
  8. ^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 2. Objetos de información y CMLDOM", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1113–1123, doi :10.1021/ci000404a, PMID  11604012
  9. ^ Página de inicio de CML en Sourceforge
  10. ^ Willighagen, EL (2001). "Procesamiento de convenciones CML en Java". Internet Journal of Chemistry . 4 . Archivado desde el original el 11 de abril de 2001.

Lectura adicional

Enlaces externos