Luego de tres años en el equipo Dyer pidió ser transferido, para poder jugar en la Premier League.
Dyer marcó su primer gol para el Newcastle enfrentando al Sunderland de locales.
En esta misma temporada debutó en la selección mayor, aunque quedó fuera del conjunto inglés en la Eurocopa 2000.
En los años siguientes Dyer se consolidó como uno de los jugadores más importantes del Newcastle, llegando incluso a ser capitán del equipo y a figurar en el seleccionado de la Premier 2002-03.
Al comienzo de la temporada 2005-06 Dyer sufrió una lesión la cual no le permitió jugar por medio año, lo que obligó a su técnico Graeme Souness a comprar mediocampistas como Emre Belözoğlu o Nolberto Solano.