Juan Manuel Rodríguez (31 de diciembre de 1771 - 1847) fue un revolucionario salvadoreño contra España y más tarde presidente del Estado de El Salvador dentro de la República Federal de Centroamérica (brevemente en 1824).
Nació en San Salvador de Pedro Delgado y Josefa Rodríguez. Su padre era panameño y su madre salvadoreña. No estaban casados.
Fue uno de los líderes de los movimientos independentistas de 1811 y 1814, junto al padre José Matías Delgado y Manuel José Arce . Fue secretario de la junta que en noviembre de 1811 funcionó como el primer gobierno independiente de la provincia. Fue alcalde de San Salvador en 1814, elegido por voto popular. En este cargo apoyó el movimiento insurreccional del 24 de enero de 1814. Fue arrestado y condenado a seis años de prisión pero fue indultado en 1819.
En noviembre de 1821 fue nombrado miembro del órgano de gobierno de la Provincia de El Salvador. En enero siguiente firmó el acta que separaba a El Salvador del antiguo Reino de Guatemala, para evitar su incorporación al Imperio Mexicano, que Guatemala había aprobado. Fue comisionado junto con Arce y otros diputados del congreso provincial para negociar en Washington, DC la admisión de El Salvador a Estados Unidos. La caída del Imperio mexicano en 1823 y la independencia de Centroamérica pusieron fin a esta iniciativa diplomática.
El 22 de abril de 1824 la asamblea constituyente eligió a Rodríguez jefe de Estado, y al día siguiente puso en vigor la abolición de la esclavitud en el estado (declarada el 31 de diciembre de 1823). El gobierno también decretó la fundación de la Diócesis de San Salvador y nombró primer obispo al padre José Matías Delgado, héroe del movimiento independentista.
En mayo de 1824 la Asamblea Nacional del Estado ordenó publicar y jurar la nueva constitución. Rodríguez estableció la Corte Suprema de Justicia. Convocó a elecciones para jefe de Estado, las cuales fueron ganadas por Juan Vicente Villacorta Díaz , con Mariano Prado como vicejefe de Estado. El 1 de octubre de 1824 transfirió el poder ejecutivo de Rodríguez a Prado en espera de la toma de posesión de Villacorta. Este último asumió el cargo el 13 de diciembre de 1824.
Durante el mandato de Rodríguez entró en servicio la primera imprenta oficial de El Salvador (junio de 1824). Imprimió el primer periódico del estado, El Semanario Político Mercantil . El primer número apareció el 31 de julio de 1824.
Después de apoyar durante años al partido de las fiebres y desempeñarse como secretario de Hacienda, Rodríguez se retiró a la vida privada. Pasó sus últimos años en su hacienda "San Jerónimo", cerca de Cojutepeque. Tomó órdenes menores con los franciscanos y realizó obras de caridad. Murió de colera en su hacienda en 1847.