Juan II, Príncipe de Anhalt-Zerbst (fallecido el 11 de abril de 1382) fue un príncipe alemán de la Casa de Ascania y gobernante del principado de Anhalt-Zerbst .
Era el hijo menor de Alberto II, príncipe de Anhalt-Zerbst , y su segunda esposa Beatriz, hija de Rodolfo I, elector de Sajonia y duque de Sajonia-Wittemberg.
La muerte de su hermano mayor Alberto III en 1359 convirtió a Juan en el único heredero de su padre; su hermano mayor Rodolfo fue ordenado sacerdote. En 1362 Juan heredó el principado de Anhalt-Zerbst, pero primero tuvo que gobernar conjuntamente con su tío Valdemaro I hasta su muerte en 1368, luego con su primo Valdemaro II , quien murió sin descendencia cuatro años después (en 1371). Después de la muerte de su primo, Juan se convirtió en el único gobernante de Anhalt-Zerbst.
En 1366 Juan se casó con Isabel (fallecida en Dessau el 20 de enero de 1420), hija de Juan I, conde de Henneberg-Schleusingen. Tuvieron cuatro hijos: