Johann Ernst de Hanau-Münzenberg-Schwarzenfels (13 de junio de 1613 en Schwarzenfels - 12 de enero de 1642 en Hanau ), fue el último conde de la línea Hanau-Münzenberg. Sucedió a su sobrino nieto Philipp Ludwig III en 1641. Cuando Johann Ernst murió en 1642, Hanau-Münzenberg cayó en manos de la línea Hanau-Lichtenberg.
Johann Ernst era hijo del conde Alberto de Hanau-Münzenberg-Schwarzenfels y su esposa, la condesa Ehrengard de Isenburg-Büdingen.
Johann Ernst estudió en la escuela del antiguo convento de Schlüchtern , que hoy se llama Ulrich-von-Hutten-Gymnasium , y en la Universidad de Basilea . Tras finalizar sus estudios, emprendió un gran viaje a Francia. Regresó a su patria en 1633. La Guerra de los Treinta Años lo obligó a él y a su familia a trasladarse a Worms y, más tarde, a Estrasburgo , donde tuvieron que hacer frente a grandes dificultades económicas. Tras la muerte de su padre allí, siguió a su madre a Fráncfort .
A diferencia de su padre, no cuestionó el derecho de su sobrino a gobernar Hanau-Münzenberg en solitario ni exigió un papel de corregente. Se llevaba bien con el conde gobernante, su sobrino Philipp Moritz y su esposa Sibylle Christine de Anhalt-Dessau .
Felipe Luis III murió el 21 de noviembre de 1641 a la edad de 9 años. Con su muerte, la línea principal Hanau-Münzenberg se extinguió en la línea masculina, y el condado pasó a Juan Ernesto, como único representante masculino de la línea colateral Hanau-Münzenberg-Schwarzenfels.
Poco después de ascender al trono, se comprometió con Susana Margarita de Anhalt-Dessau , hermana de Sibila Cristina. Sin embargo, murió antes de que pudieran casarse. Susana Margarita se casó más tarde con Juan Felipe de Hanau-Lichtenberg . Su hermana, Sibila Cristina, se casó con el hermano mayor de Juan Felipe, que fue el sucesor de Juan Ernesto, Federico Casimiro . Ambos matrimonios no tuvieron hijos.
El 12 de enero de 1642, tras sólo siete semanas de reinado, Juan Ernesto murió de viruela . Los médicos que lo atendieron, entre ellos Pedro de Spina III, habían reconocido la enfermedad muy tarde y lo habían tratado con laxantes y sangrías cuando estaba a punto de morir.
Fue enterrado el 26 de febrero de 1642 en el panteón familiar de la iglesia de Santa María de Hanau, que tuvo que ser ampliado previamente porque estaba lleno. El ataúd de metal en el que fue enterrado fue robado en 1812, durante las guerras napoleónicas . Su cuerpo y los cadáveres de otros ataúdes robados fueron enterrados nuevamente en un ataúd común.
A Juan Ernesto le sucedió Federico Casimiro, que también era conde de Hanau-Lichtenberg, uniendo así Hanau en una sola mano, después de una división de 184 años. Como Federico Casimiro era todavía menor de edad, estuvo bajo la regencia del barón Jorge II de Fleckenstein-Dagstuhl .