Joseph F. Fernandez (nacido c. 1937) fue jefe de estación de la Agencia Central de Inteligencia en Costa Rica (operando bajo el seudónimo de Tomás Castillo) y una figura en el asunto Irán-Contra .
Joe Fernández, un cubano-estadounidense , fue un protegido de Duane Clarridge en los primeros años de la operación Contra. Cuando Clarridge fue reemplazado por Alan Fiers como el hombre clave de la CIA en América Central, Fernández se alió con Oliver North del Consejo de Seguridad Nacional en lugar de Fiers. North y Fernández buscaron revivir la causa antisandinista en el sur, culpando al liderazgo errático de Edén Pastora por el estado moribundo de la Alianza Revolucionaria Democrática . A principios de 1986, Fernández convenció a los comandantes de campo de Pastora para que se unieran a Fernando "El Negro" Chamorro , quien se había aliado con la Fuerza Democrática Nicaragüense con base en el norte . Sin embargo, sus esfuerzos con North para construir un fuerte Frente Sur de la Contra, incluido el reabastecimiento aéreo de las fuerzas rebeldes en el sur por parte de "Enterprise" de Richard Secord , lo enredaron en el asunto Irán-Contra.
Fernández fue acusado originalmente el 20 de junio de 1988 por cuatro cargos de obstrucción y declaraciones falsas. La acusación formal de Fernández representó la primera vez que un jefe de estación de la CIA había sido acusado de delitos cometidos en el curso de sus funciones como oficial de la CIA. Después de un cambio de jurisdicción, se presentó una nueva acusación formal el 24 de abril de 1989. El caso fue desestimado el 24 de noviembre de 1989 cuando el Fiscal General Richard L. Thornburgh se negó a desclasificar la información necesaria para su defensa.
Después de que se retiraran los cargos, fundó Guardian Technologies International con Oliver North.