Juan III del Palatinado (7 de mayo de 1488, Heidelberg – 3 de febrero de 1538) fue el 48.º arzobispo de Ratisbona . Reinó desde 1507 hasta su muerte.
Juan III del Palatino fue miembro de la Casa de Wittelsbach . Su padre fue el elector palatino Felipe ; su madre fue Margarita de Baviera . Entre sus hermanos estaban Jorge , que fue obispo de Espira , y Enrique , que fue obispo de Utrech , Freising y Worms .
Como hijo menor, Juan III estaba destinado desde muy joven a una carrera en el clero. Sin embargo, recibió poca educación en asuntos religiosos. Demostró ser un administrador competente, pero nunca hizo los votos religiosos, por lo que técnicamente era administrador diocesano en lugar de arzobispo.
Entre 1511 y 1513 se produjeron en Ratisbona disturbios provocados por la muerte de Sigmund von Rohrbach, que había sido capitán imperial y cuyo cargo se utilizaba cada vez más como un favor a los favoritos del emperador, lo que hacía que los capitanes imperiales se ausentaran con frecuencia y las decisiones que debían tomar se demoraran. El emperador Maximiliano I concedió el cargo al caballero Thomas Fuchs von Schneeburg. Los disturbios dieron lugar a la creación de un consejo formado por los ciudadanos más importantes de la ciudad, que anunció que investigaría el problema, pero algunos miembros querían vengarse de los designados por el emperador. Tras la mediación de Juan III, se instaló un consejo municipal más conservador, que consiguió frenar la revolución. Una comisión imperial castigó a los líderes de los disturbios.
Juan III apoyó la agitación contra los judíos en Ratisbona, que era popular entre la clase media. Hubo sermones antijudíos y el tribunal del obispo comenzó a interpretar los casos judiciales sobre préstamos impagos como disputas religiosas entre cristianos y judíos. Los judíos enviaron cartas de queja al emperador Maximiliano I, quien reprendió a Juan III. Después de la muerte de Maximiliano I en 1519, la ciudad se volvió contra los judíos. Su sinagoga fue demolida y se vieron obligados a abandonar la ciudad. Se construyó una iglesia, dedicada a María, en el lugar donde había estado la sinagoga. Balthasar Hubmaier fue predicador en esta iglesia. Los peregrinos comenzaron a visitar esta iglesia y Juan III comenzó a administrar los considerables ingresos que traían los peregrinos.
Aunque la ciudad y el clero estaban de acuerdo en la persecución de los judíos, discrepaban en otros asuntos. En particular, Juan III reclamó todos los impuestos pagados por el clero y desafió a la ciudad y a los príncipes soberanos de su diócesis, que también reclamaban estos ingresos. Entre los acontecimientos más importantes durante la Reforma estuvo la conversión de Balthaser Hubmaier al anabaptismo . Hubmaier sería torturado y quemado en la hoguera en Viena . La diócesis perdió el decanato de Wunsiedel cuando el gobernante local, el margrave Jorge el Piadoso, realizó una visita a la iglesia. Convocó al clero de su territorio y lo juzgó por su lealtad hacia él y su actitud hacia la fe luterana , de la que fue uno de sus primeros defensores. Encarceló al clero que no le gustaba y lo privó de sus ingresos. El destino del decano Melchior von Sparneck es un ejemplo típico de lo que podría sucederle a un sacerdote en estos tiempos inquietos.
Tres años antes de su muerte, Juan III negoció con sus hermanos Luis V y Federico II y con el cabildo de la catedral. Quería retirarse y quería que los diversos distritos separados del obispado le proporcionaran ingresos durante su retiro, y que el cabildo eligiera a uno de sus parientes menores de edad como su sucesor. El cabildo se negó, ya que temía que las tierras que separara del obispado fueran heredadas por el Elector Palatino después de su muerte.
Juan III murió el 3 de febrero de 1538. Tras su muerte, dejó una deuda de 30.000 florines .