La temporada 2006 de los Jacksonville Jaguars fue la duodécima temporada de la franquicia en la Liga Nacional de Fútbol Americano (NFL) y la cuarta bajo la dirección del entrenador en jefe Jack Del Rio . Los Jaguars no lograron mejorar su récord de 12-4 de 2005 . Los Jaguars terminaron en tercer lugar en la AFC Sur y terminaron la temporada con marca de 8-8. Aunque los Jaguars tuvieron marca de 8-5 después de trece juegos, perdieron sus siguientes tres juegos seguidos y se perdieron la postemporada por segunda vez en tres temporadas .
Nota: Los oponentes dentro de la división están en negrita .
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
en el estadio Alltel, Jacksonville, Florida
en el RCA Dome , Indianápolis, Indiana
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 2-1.
en FedExField , Landover, Maryland
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 2-2.
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
Con la victoria, los Jaguars entraron en su semana de descanso con marca de 3-2.
en el Estadio Reliant , Houston, Texas
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 3-3.
en Lincoln Financial Field , Filadelfia
Con la victoria, los Jaguars mejoraron a 4-3.
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
Con la victoria, los Jaguars mejoraron a 5-3.
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 5-4.
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
Con la victoria, los Jaguars mejoraron a 6-4.
en el estadio Ralph Wilson , Buffalo, Nueva York
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 6-5.
en el Dolphin Stadium , Miami Gardens, Florida
Con la victoria, los Jaguars mejoraron a 7-5.
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
Durante este juego, los Jaguars se combinaron para 375 yardas terrestres, la segunda mayor cantidad en un solo juego desde la fusión AFL-NFL . Maurice Jones-Drew tuvo un récord de franquicia de 302 yardas de uso múltiple; 166 yardas terrestres con dos touchdowns, 15 yardas recibidas y 121 yardas de retorno con un touchdown de devolución de patada inicial. Fred Taylor tuvo 131 yardas terrestres con un touchdown.
Con la victoria, los Jaguars mejoraron a 8-5.
en LP Field , Nashville, Tennessee
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 8–6.
en el estadio Alltel , Jacksonville, Florida
Con la derrota, los Jaguars cayeron a 8–7.
en el estadio Arrowhead , Kansas City, Misuri
Con la derrota, los Jaguars terminaron su temporada 8-8.