La isla Magdalena es una isla de la Región de Aysén , en el sur de Chile . La isla se encuentra entre el canal Moraleda y el canal Puyuhuapi , y pertenece parcialmente al Parque Nacional Isla Magdalena . La Oficina Hidrográfica de los Estados Unidos asigna cuatro nombres diferentes para esta isla: Isla de Cay , Isla Desierto , Isla Magdalena e Isla de Motalat .
Esta gran isla se extiende hasta la costa continental, de la que está dividida por los canales que acabamos de mencionar. En su parte central se eleva a 5.446 pies el volcán extinto Montalat. El cráter está siempre lleno de nieve. En la costa occidental de la isla se encuentra el estrecho de Pangal, que no es de utilidad para la navegación. Cinco millas más al norte de éste se encuentra la isla Senec, baja y en pendiente, que forma una buena señal diurna, que conviene dejar hacia el este al pasar.
La comunidad pesquera y caserío de Puerto Gaviota se ubica en la zona suroeste de la isla en el punto de encuentro del Canal Puyuhuapi con el Canal Moraleda .