Index Fungorum es un proyecto internacional para indexar todos los nombres formales ( nombres científicos ) del reino de los hongos . A partir de 2015, el proyecto tiene su sede en el Real Jardín Botánico de Kew , uno de los tres socios junto con Landcare Research y el Instituto de Microbiología de la Academia China de Ciencias .
Es comparable en cierta medida al Índice Internacional de Nombres de Plantas (IPNI), en el que también participa el Real Jardín Botánico. Una diferencia es que, mientras que el IPNI no indica los nombres correctos , el Index Fungorum sí indica el estado de un nombre. En los resultados de la página de búsqueda, un nombre actualmente correcto se indica en verde, mientras que otros se indican en azul (unos pocos usos aberrantes de los nombres se indican en rojo). Todos los nombres están vinculados a páginas que indican el nombre correcto, con listas de sinónimos .
Index Fungorum es uno de los tres repositorios de nomenclatura reconocidos por el Comité de Nomenclatura de Hongos ; los otros son MycoBank y Fungal Names . [1] En 2023, más de un millón de nombres de hongos se han vinculado a identificadores persistentes para sus publicaciones asociadas en estas tres bases de datos, y Index Fungorum ha contribuido significativamente a este esfuerzo. [2]
La historia de la indexación de nombres de hongos se remonta a principios del siglo XIX, con varias compilaciones notables que condujeron a la creación del Index Fungorum. Uno de los primeros intentos exhaustivos fue el "Sylloge Fungorum" de Pier Andrea Saccardo (1882-1931), que tenía como objetivo recopilar todos los nombres de hongos conocidos y sus descripciones. En el siglo XX, las "Listas" de Franz Petrak (1920-1939) continuaron esta tradición, proporcionando un índice completo de nuevos nombres de hongos y fuentes bibliográficas. [3] En los últimos años, el Index Fungorum ha estado haciendo la transición de la indexación posterior a la publicación al registro previo a la publicación. Este cambio tiene como objetivo agilizar el proceso de registro de nuevos nombres de hongos y actos nomenclaturales. Como parte de esta transición, el Index Fungorum está desarrollando un proceso automatizado de registro a publicación en colaboración con otros importantes registros de nombres taxonómicos. [4]
El desarrollo del Index Fungorum se puede rastrear a través de varios cambios institucionales. Se originó a partir de los esfuerzos del Imperial Bureau of Mycology (IBM), establecido en 1920, que luego se convirtió en el Commonwealth Mycological Institute (CMI) en 1948. En 1986, pasó a formar parte de CAB International , y finalmente evolucionó hasta convertirse en el actual proyecto Index Fungorum. [3] En 2016, se estaban llevando a cabo planes para trasladar el sistema Index Fungorum al Royal Botanic Gardens, Kew, donde funcionaría junto con el International Plant Names Index (IPNI). Se espera que este traslado facilite una integración más estrecha entre los sistemas de registro de nombres de plantas y hongos. [4]
Desde el 1 de enero de 2013, los nuevos nombres de hongos deben citar un identificador emitido por un repositorio reconocido antes de su publicación, tal como lo exige el Código Internacional de Nomenclatura para algas, hongos y plantas. Este requisito ha consolidado aún más la importancia del Index Fungorum y sus contrapartes en el campo de la taxonomía de los hongos. [5]
Index Fungorum pretende ser una lista completa de todos los nombres de hongos que alguna vez se han definido de manera válida . Esto incluye nombres que pueden ser conflictivos o que ya no se usan. La base de datos cubre una amplia gama de actos nomenclaturales, incluidos nuevos taxones en todos los rangos desde suprafamiliares hasta infraespecíficos , nuevos nombres de reemplazo , nuevas combinaciones y varios tipos de tipificaciones. También incorpora nombres de hongos formadores de líquenes , que históricamente a veces se trataban por separado. [3] [5] A partir del 1 de enero de 2019, Index Fungorum también registra nuevas designaciones de tipo para taxones descritos previamente en el rango de especie o por debajo. Esto incluye lectotipificaciones, neotipificaciones y epitipificaciones. Estos actos de tipificación deben registrarse y el identificador debe citarse en la publicación. [6]
La parte principal del Index Fungorum pretende ser una lista global de todos los nombres de hongos que alguna vez se han definido de forma válida, pero muchos de ellos son contradictorios o ya no se utilizan. Species Fungorum es un proyecto estrechamente relacionado con él, con sede en el Real Jardín Botánico de Kew, apoyado por CABI, para decidir un subconjunto coherente de los nombres del Index Fungorum que se puedan recomendar como válidos actualmente. Es posible buscar en el Index Fungorum o en la lista de Species Fungorum por separado y los resultados del Index Fungorum también ofrecen una referencia cruzada a Species Fungorum cuando hay una entrada disponible; los nombres sin dicha referencia generalmente solo tienen interés histórico y no deben considerarse confiables para el uso actual. [7] [8]
La elaboración de un índice completo de nombres de hongos presenta varios desafíos, entre ellos, el manejo de nombres obsoletos, la dificultad de buscar nuevos nombres en revistas internacionales y la necesidad de manejar el creciente volumen de nuevos taxones de hongos que se describen. El desarrollo de bases de datos electrónicas ha ayudado a abordar algunas de estas cuestiones, pero la tarea sigue siendo compleja y continua. [3] Para estandarizar su formato de datos y mejorar la interoperabilidad con otros sistemas, Index Fungorum planea adoptar el Taxon Concept Schema como su estándar básico para el registro e indexación de nuevos nombres y otros actos nomenclaturales. [4]
Un desafío particular en la recopilación de nombres de hongos es el problema de la " cola larga ", donde muchos nombres se publican en publicaciones pequeñas y poco conocidas. Esto dificulta lograr una cobertura completa de la literatura, especialmente en el caso de publicaciones antiguas. [2]
Index Fungorum proporciona identificadores de ciencias biológicas (LSID) para los registros de su base de datos. Esta función ayuda a identificar y hacer referencia de forma única a taxones de hongos en diferentes bases de datos y publicaciones. Index Fungorum está desarrollando un flujo de trabajo de máquina a máquina basado en XML para el registro. Este proceso automatizado está diseñado para funcionar con los sistemas de las editoriales, lo que permite un registro eficiente de nombres de hongos antes de la publicación. El sistema es parte de un esfuerzo más amplio para crear un proceso de registro estandarizado en múltiples registros de nombres taxonómicos. [4]
El concepto de registro de nombres de hongos ha evolucionado con el tiempo. En los últimos años, esto ha llevado al desarrollo de sistemas de registro en línea como MycoBank , que trabajan junto con Index Fungorum para garantizar que los nuevos nombres de hongos se registren correctamente y se pongan a disposición de la comunidad científica. [3]
Index Fungorum también proporciona un servicio web de protocolo SOAP para buscar en su base de datos y recuperar registros. Hay disponible un archivo WSDL que describe los servicios. [9] Index Fungorum se adhiere a los principios de datos FAIR (Findable, Accessible, Interoperable y Reutilizable), que son necesarios para el intercambio y la utilización eficaz de datos científicos. Este compromiso mejora la utilidad de la base de datos para los investigadores y su integración con otros recursos informáticos de biodiversidad. [6] Index Fungorum es uno de los tres registros oficiales de nombres de hongos, junto con MycoBank y Fungal Names , tal como lo reconoce el Comité Internacional de Nomenclatura de Hongos. Estos tres repositorios sincronizan sus datos mensualmente para mantener la coherencia en todas las plataformas. Este sistema garantiza que la comunidad micológica tenga acceso a información de nomenclatura actualizada y armonizada. La colaboración entre estos repositorios representa un avance significativo en la estandarización y accesibilidad de la nomenclatura de hongos. [5]
Para facilitar el registro y la recuperación precisos de los datos de nomenclatura de los hongos, Index Fungorum recomienda estándares específicos para los metadatos de los especímenes . Esto incluye información detallada sobre la ubicación de la recolección, el hábitat, el sustrato , la fecha de recolección y la información del repositorio. Estos estándares ayudan a garantizar que la base de datos proporcione información completa y útil para los taxónomos y otros investigadores. [6]