Más tarde, fue lanzada una versión para Nintendo 3DS que incluye la mayoría de los DLC que fueron lanzados para la versión de Nintendo Wii U y con más contenido.
Cuando la hechicera Cya, ayudada por Volga, el caballero dragón, y Wizro, un espectro con poderes mágicos, consigue reunir los fragmentos de la Trifuerza, utiliza su poder para crear unos portales espacio-temporales e invocar un poderoso ejército para amenazar la paz de Hyrule.
Una vez que Cya es derrotada, los portales se cierran y la paz parece restablecida, pero de nuevo surge una amenaza sobre Hyrule .
Para desbloquear ciertas recompensas es necesario utilizar objetos que se van obteniendo al completar algunas fases.
En este modo de juego se pueden desbloquear cuatro personajes y armas más poderosas, así como obtener nuevas skulltullas doradas.