Haplovista

Haploview ^[1] es un software de bioinformática de uso común que está diseñado para analizar y visualizar patrones de desequilibrio de ligamiento (LD) en datos genéticos . Haploview también puede realizar estudios de asociación, eligiendo SNP etiquetados ^[2] y estimando frecuencias de haplotipos . Haploview es desarrollado y mantenido por el laboratorio del Dr. Mark Daly en el MIT / Harvard Broad Institute .

Haploview actualmente admite las siguientes funcionalidades:

Análisis de bloques de haplotipos y LD.
Estimación de la frecuencia de la población de haplotipos.
Pruebas de asociación de haplotipos y SNP único.
Pruebas de permutación para determinar la importancia de la asociación.
Implementación del algoritmo de selección SNP de etiqueta Tagger de Paul de Bakker
Descarga automática de datos de genotipo por fases desde HapMap
Visualización y trazado de los resultados de la asociación del genoma completo de PLINK, incluidas opciones de filtrado avanzadas

Referencias

^ Barrett JC; Freír B.; Maller J.; Daly MJ (2005). "Haploview: análisis y visualización de LD y mapas de haplotipos". Bioinformática . 21 (2): 263–5. doi : 10.1093/bioinformática/bth457 . PMID 15297300.
^ de Bakker PI; Yelensky R.; Pe'er I.; Gabriel SB; Daly MJ; Altshuler D. (2005). "Eficiencia y potencia en estudios de asociación genética". Genética de la Naturaleza . 37 (11): 1217–23. doi :10.1038/ng1669. PMID 16244653.