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Tinker (software)

Tinker , anteriormente conocido como TINKER , es un conjunto de aplicaciones informáticas para la simulación de dinámica molecular . Los códigos proporcionan un conjunto completo y general de herramientas para la mecánica molecular y la dinámica molecular , con algunas características especiales para las biomoléculas . El núcleo del software es un conjunto modular de rutinas invocables que permiten manipular coordenadas y evaluar la energía potencial y las derivadas a través de medios sencillos.

Tinker funciona en Windows , macOS , Linux y Unix . El código fuente está disponible de forma gratuita para usuarios no comerciales bajo una licencia propietaria. El código está escrito en FORTRAN 77 , Fortran 95 o CUDA portable con extensiones comunes y algo de C.

Los desarrolladores principales son: (a) el laboratorio de Jay Ponder, en el Departamento de Química, Universidad de Washington en St. Louis , St. Louis , Missouri . El jefe del laboratorio Ponder es profesor titular de Química y de Bioquímica y Biofísica Molecular; (b) el laboratorio de Pengyu Ren, en el Departamento de Ingeniería Biomédica de la Universidad de Texas en Austin , Austin , Texas . El jefe del laboratorio Ren es profesor titular de Ingeniería Biomédica; (c) el equipo de investigación de Jean-Philip Piquemal en el Laboratoire de Chimie Théorique, Departamento de Química, Universidad de la Sorbona , París , Francia . El jefe del equipo de investigación Piquemal es profesor titular de Química Teórica.

Características

El paquete Tinker se basa en varios códigos relacionados: (a) el Tinker canónico, versión 8, (b) el paquete Tinker9 como una extensión directa del Tinker canónico para sistemas GPU, (c) el paquete Tinker-HP para aplicaciones MPI masivamente paralelas en sistemas híbridos basados ​​en CPU y GPU , (d) Tinker-FFE para la visualización de los cálculos de Tinker a través de una interfaz gráfica basada en Java, y (e) el paquete Tinker-OpenMM para el uso de Tinker con GPU a través de una interfaz para el software OpenMM. Todos los códigos Tinker están disponibles en el sitio de la organización TinkerTools en GitHub. Hay información adicional disponible en el sitio web de la comunidad TinkerTools.

Se proporcionan programas para realizar muchas funciones, entre ellas:

  1. minimización de energía sobre coordenadas cartesianas , ángulos de torsión o cuerpos rígidos mediante gradiente conjugado, métrica variable o un método de Newton truncado
  2. Dinámica molecular, estocástica y de cuerpos rígidos con límites periódicos y control de temperatura y presión.
  3. Análisis vibracional en modo normal
  4. Geometría de distancia que incluye una metrización aleatoria por pares eficiente
  5. Construcción de estructuras de proteínas y ácidos nucleicos a partir de secuencias.
  6. Recocido simulado con varios protocolos de enfriamiento
  7. Análisis y descomposición de energías potenciales de un solo punto
  8. Verificación de derivadas analíticas de potenciales estándar y definidos por el usuario
  9. Ubicación de un estado de transición entre dos mínimos
  10. Búsqueda de superficie de energía completa mediante un método de escaneo de conformación
  11. Cálculos de energía libre mediante perturbación de energía libre o análisis de histograma ponderado
  12. Ajuste de parámetros de potencial intermolecular a datos estructurales y termodinámicos
  13. Optimización global mediante suavizado de superficies energéticas, incluido un método de búsqueda y suavizado de potencial (PSS)

Premios

Véase también

Referencias

Licencia

  1. ^ Licencia de Tinker

Enlaces externos