Tinker , anteriormente estilizado como TINKER , es un conjunto de aplicaciones de software para simulación de dinámica molecular . Los códigos proporcionan un conjunto completo y general de herramientas para la mecánica molecular y la dinámica molecular , con algunas características especiales para las biomoléculas . El núcleo del software es un conjunto modular de rutinas invocables que permiten manipular coordenadas y evaluar energía potencial y derivadas por medios sencillos.
Tinker funciona en Windows , macOS , Linux y Unix . El código fuente está disponible de forma gratuita para usuarios no comerciales bajo una licencia propietaria. El código está escrito en FORTRAN 77 , Fortran 95 o CUDA portátil con extensiones comunes y algo de C.
Los desarrolladores principales son: (a) el laboratorio Jay Ponder, en el Departamento de Química de la Universidad de Washington en St. Louis , St. Louis , Missouri . El jefe del laboratorio Ponder es profesor titular de Química y de Bioquímica y Biofísica Molecular; (b) el laboratorio Pengyu Ren, en el Departamento de Ingeniería Biomédica de la Universidad de Texas en Austin , Austin , Texas . El jefe de laboratorio, Ren, es profesor titular de Ingeniería Biomédica; (c) Equipo de investigación de Jean-Philip Piquemal en el Laboratoire de Chimie Théorique, Departamento de Química, Universidad de la Sorbona , París , Francia . El jefe del equipo de investigación, Piquemal, es catedrático de Química Teórica.
Características
El paquete Tinker se basa en varios códigos relacionados: (a) el Tinker canónico, versión 8, (b) el paquete Tinker9 como una extensión directa del Tinker canónico a sistemas GPU, (c) el paquete Tinker-HP para aplicaciones MPI masivamente paralelas en sistemas híbridos basados en CPU y GPU , (d) Tinker-FFE para la visualización de los cálculos de Tinker a través de una interfaz gráfica basada en Java, y (e) el paquete Tinker-OpenMM para el uso de Tinker con GPU a través de una interfaz para el software OpenMM. Todos los códigos de Tinker están disponibles en el sitio de la organización TinkerTools en GitHub. Hay información adicional disponible en el sitio web de la comunidad TinkerTools.
Se proporcionan programas para realizar muchas funciones que incluyen:
- Minimización de energía sobre coordenadas cartesianas , ángulos de torsión o cuerpos rígidos mediante gradiente conjugado, métrica variable o un método de Newton truncado.
- Dinámica molecular, estocástica y de cuerpos rígidos con límites periódicos y control de temperatura y presión.
- análisis vibratorio en modo normal
- geometría de distancia que incluye una metrización aleatoria por pares eficiente
- construir estructuras de proteínas y ácidos nucleicos a partir de secuencias
- recocido simulado con varios protocolos de enfriamiento
- Análisis y desglose de energías potenciales de un solo punto.
- verificación de derivadas analíticas de potenciales estándar y definidos por el usuario
- Ubicación de un estado de transición entre dos mínimos.
- Búsqueda de superficie de energía completa mediante un método de escaneo de conformación.
- Cálculos de energía libre mediante perturbación de energía libre o análisis de histograma ponderado.
- Ajuste de parámetros de potencial intermolecular a datos estructurales y termodinámicos.
- optimización global mediante suavizado de superficie de energía, incluido un método de búsqueda y suavizado de potencial (PSS)
Premios
- Tinker-HP recibió el Premio Atos-Joseph Fourier 2018 en Computación de Alto Rendimiento.
Ver también
Referencias
- Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Lipparini, Filippo; Aviat, Félix; Stamm, Benjamín; Jing, Zhifeng F.; Harger, Mateo; Torabifard, Hedieh; Cisneros, Andrés; Schnieders, Michael; Gresh, Nohad; Señora, Yvon; Ren, Pengyu; Reflexiona, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2018). "Tinker-HP: aceleración de simulaciones de dinámica molecular de grandes sistemas complejos con campos de fuerza polarizables dipolo puntuales avanzados utilizando GPU y sistemas multi-GPU". Ciencia Química . 9 (4): 956–972. doi :10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332 . PMID 29732110.
- Adjoua, Olivier; Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Durocher, Arnaud; Wang, Zhi; Muy, Thibaut F.; Dupays, Isabelle; Jaffrelot Inizan, Theo; Célerse, Frédéric; Ren, Pengyu; Reflexiona, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2021). "Tinker-HP: un paquete de dinámica molecular masivamente paralela para simulaciones multiescala de grandes sistemas complejos con campos de fuerza polarizables dipolo puntuales avanzados". Revista de Teoría y Computación Química . 17 (4): 2034-2053. doi : 10.1021/acs.jctc.0c01164. PMC 7654869 . PMID 33173801.
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Licencia
enlaces externos
- TinkerTools en GitHub
- Tinker en Twitter
- tinkertools.org
- dasher.wustl.edu/tinker