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Wiki Gene

Gene Wiki es un proyecto dentro de Wikipedia que tiene como objetivo describir las relaciones y funciones de todos los genes humanos . Se estableció para transferir información de recursos científicos a artículos resguardados de Wikipedia. [1] [2] [3]

El proyecto Gene Wiki también inició la publicación de artículos de revisión específicos de genes en la revista Gene , junto con la edición de páginas específicas de genes en Wikipedia. [4]

El proyecto Gene Wiki en colaboración con la revista Gene finalizó en mayo de 2022, diez años después del inicio del proyecto. Un informe de los líderes del proyecto resume los logros del proyecto. [5]

Objetivos y alcance del proyecto.

Número de artículos genéticos.

Se estima que el genoma humano contiene entre 20.000 y 25.000 genes codificadores de proteínas . [6] El objetivo del proyecto Gene Wiki es crear artículos semilla para cada gen humano notable , es decir, cada gen cuya función ha sido asignada en la literatura científica revisada por pares . Aproximadamente la mitad de los genes humanos tienen una función asignada, por lo que se esperaría que el número total de artículos generados por el proyecto Gene Wiki estuviera en el rango de 10.000 a 15.000. Hasta la fecha, [ a partir de? ] Se han creado o ampliado aproximadamente 11.000 artículos para incluir contenido del proyecto Gene Wiki. [ cita necesaria ]

Expansión

Una vez que se hayan establecido los artículos iniciales, la esperanza y la expectativa es que estos sean anotados y ampliados por editores con experiencia que va desde el público no especializado hasta estudiantes, profesionales y académicos. [1]

Proteínas codificadas por genes.

En realidad, sólo una pequeña porción del genoma codifica proteínas en el genoma humano. Comprender la función de un gen que codifica una proteína generalmente requiere comprender la función de la proteína correspondiente. Además de incluir información básica sobre el gen, el proyecto también incluye información sobre la proteína codificada por el gen. Se cree que la función de otras porciones del genoma, el ADN no codificante , también llamado ADN "basura" en el pasado porque no tenían ninguna función aparente, en realidad tiene funciones reguladoras.

Contenido generado por Gene Wiki

Los resguardos para el proyecto Gene Wiki son creados por un bot y contienen enlaces a las siguientes bases de datos primarias de genes/proteínas:

Respuesta

Un informe encontró que entre 2013 y 2017, el contenido que Gene Wiki contribuyó a Wikipedia obtuvo un desarrollo colaborativo con el tiempo. [8]

Referencias

  1. ^ ab Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (julio de 2008). "Una wiki de genes para la anotación comunitaria de la función genética". Más biología . 6 (7): e175. doi : 10.1371/journal.pbio.0060175 . PMC  2443188 . PMID  18613750.
  2. ^ Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI. "SciVee Pubcast: una wiki genética para la anotación comunitaria de la función genética". Archivado desde el original el 24 de julio de 2010 . Consultado el 19 de noviembre de 2008 .
  3. ^ Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; et al. (Enero de 2010). "The Gene Wiki: inteligencia comunitaria aplicada a la anotación de genes humanos". Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D633–9. doi :10.1093/nar/gkp760. PMC 2808918 . PMID  19755503. 
  4. ^ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2 de mayo de 2016). "Reseñas de Gene Wiki: aumento de la calidad y accesibilidad de la información sobre el genoma humano". Gen.​ 592 (2): 235–8. doi :10.1016/j.gene.2016.04.053. PMC 5944608 . PMID  27150585. 
  5. ^ van Wijnen AJ, Golemis E, Hanukoglu I, Tsui SK, Hu E, Ul-Hasan S, Joy J, Su AI, Tsueng G (julio de 2022). "Una evaluación retrospectiva de una década de Gene Wiki Reviews y su impacto" (PDF) . Gen.​ 830 : 146534. doi : 10.1016/j.gene.2022.146534. PMID  35525475.
  6. ^ Abrazadera M; Freír B; Kamal M; Xie X; puño J; Lin MF; Kellis M ; Lindblad-Toh K; Lander ES (diciembre de 2007). "Distinguir genes codificadores y no codificantes de proteínas en el genoma humano". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU . 104 (49): 19428–33. doi : 10.1073/pnas.0709013104 . PMC 2148306 . PMID  18040051. 
  7. ^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (abril de 2004). "Un atlas de genes de transcriptomas que codifican proteínas humanas y de ratón". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU . 101 (16): 6062–7. Código Bib : 2004PNAS..101.6062S. doi : 10.1073/pnas.0400782101 . PMC 395923 . PMID  15075390. 
  8. ^ Zinovyev, Andrei; Czerwinska, Úrszula; Cantini, Laura; Barillot, Emmanuel; Frahm, Klaus M.; Shepelyansky, Dima L.; Rzhetsky, Andrey (18 de febrero de 2020). "La inteligencia colectiva define las funciones biológicas en Wikipedia como comunidades en la red de conexión de proteínas ocultas". PLOS Biología Computacional . 16 (2): e1007652. Código Bib : 2020PLSCB..16E7652Z. doi : 10.1371/journal.pcbi.1007652 . PMC 7048313 . PMID  32069277. 

Otras lecturas

enlaces externos