Cursó sus estudios primarios en Chestnut Hill, Pensilvania, para continuar luego en la Escuela preparatoria de san José, regenteada por los jesuitas en Filadelfia.
[10][3] Fitzmyer realizó sus estudios de grado en la Universidad Loyola Chicago y se graduó como Bachelor of Arts en 1943.
[3] Obtuvo su doctorado en Filosofía en lenguas semíticas en la Universidad Johns Hopkins en 1956,[1] y una Licenciatura en Sagrada Escritura en el Pontificio Instituto Bíblico de Roma en 1957.
[3][1] En la Universidad Johns Hopkins, estudió bajo la dirección del renombrado biblista y arqueólogo William Foxwell Albright (1892-1971), quien también fue mentor de otros especialistas internacionales en estudios orientales, bíblicos y arqueológicos, incluyendo a George Ernest Wright (1909-1974), Raymond Edward Brown (1928-1998), David Noel Freedman (1922-2008), y Frank Moore Cross (1921-2012).
[10] La tesis doctoral de Fitzmyer, realizada bajo la dirección de W. F. Albright y T. O. Lambdin, se tituló The Syntax of Imperial Aramaic based on the Documents Found in Egypt (Baltimore, 1956).
En 1969, fue editor en jefe y uno de los miembros del comité editorial fundador de la Catholic Biblical Quarterly - Monograph Series, junto con Raymond Edward Brown y Frank M. Cross, entre otros.
[10] El documento representó un paso importante para zanjar las divisiones entre ambas denominaciones cristianas que llevaban 482 años, desde que el mismo día del año 1517, Martín Lutero clavó sus noventa y cinco tesis en la puerta de la iglesia del castillo en Wittenberg, en Alemania.