El MAP de proteólisis ( PMAP ) era un recurso web integrado centrado en las proteasas . [1] Su dominio ahora se vincula a un extensor de navegador antispam/estafa.
PMAP fue diseñado para ayudar a los investigadores de proteasa a razonar sobre las redes proteolíticas y las vías metabólicas .
El PMAP se creó originalmente en el Instituto Burnham de Investigación Médica , en La Jolla, California. En 2004, los Institutos Nacionales de Salud (NIH) seleccionaron a un equipo dirigido por Jeffrey W. Smith para establecer el Centro de Vías Proteolíticas (CPP). Como parte de la Hoja de Ruta de los NIH para la investigación biomédica, el centro desarrolla tecnología para estudiar el comportamiento de las proteínas y difundir ese conocimiento entre la comunidad científica en general.
Las proteasas son una clase de enzimas que regulan gran parte de lo que sucede en el cuerpo humano , tanto dentro como fuera de la célula , al escindir los enlaces peptídicos de las proteínas . A través de esta actividad, gobiernan las cuatro funciones celulares esenciales: diferenciación , motilidad , división y muerte celular , y activan episodios extracelulares importantes , como el efecto de cascada bioquímica en la coagulación sanguínea . La vida no podría existir sin ellas. En la base de datos MEROPS se encuentra depositado un extenso sistema de clasificación en línea para las proteasas (también denominadas peptidasas) .
Las vías proteolíticas, o proteólisis, son una serie de eventos controlados por proteasas que ocurren en respuesta a estímulos específicos. La coagulación de la sangre y la producción de insulina pueden considerarse vías proteolíticas. La activación, regulación e inhibición de la proteína son reacciones de las proteasas a los cambios en los niveles de glucosa y desencadenan otras proteasas posteriores.
PMAP integra cinco bases de datos. ProteaseDB y SubstrateDB, que funcionan mediante un proceso de anotación automatizado que genera "páginas de moléculas" dinámicas, ricas en información molecular. CutDB [2] tiene información sobre más de 6600 eventos proteolíticos, y ProfileDB se dedica a la información sobre la especificidad de reconocimiento de sustratos de las proteasas. PathwayDB ha comenzado a acumular vías metabólicas cuya función se puede modelar dinámicamente de una manera basada en reglas. Las redes hipotéticas se infieren mediante un descarte semiautomático de la literatura. Las herramientas de software de proteasa pueden ayudar a analizar proteasas individuales y conjuntos de datos de todo el proteoma .
Los destinos populares en PMAP son las páginas de moléculas de proteasa y las páginas de moléculas de sustrato. Las páginas de moléculas de proteasa muestran noticias recientes en la literatura de PubMed sobre la proteasa, eventos proteolíticos conocidos, ubicación del dominio de la proteína y vista de la estructura de la proteína , así como una sección de anotaciones cruzadas en otras bases de datos bioinformáticas . Las páginas de moléculas de sustrato muestran dominios de proteínas y sitios de corte de proteasa derivados experimentalmente para un objetivo proteico de interés determinado.
