El caso Francis Blake fue el decimotercer libro de Blake y Mortimer y el primero que no fue escrito por Edgar P. Jacobs . Se publicó en 1996.
El Reino Unido se conmociona al descubrirse la existencia de una red de espionaje en el país. En una reunión en Scotland Yard entre los servicios de inteligencia ( MI5 y MI6 ), Scotland Yard y el Ministerio del Interior , el capitán Francis Blake, director del MI5, explica que, siempre que sus servicios dan con un rastro, los espías consiguen desaparecer sin dejar rastro. Sólo un mensajero llamado Jennings es detenido. Entonces especula con la existencia de un topo en el Servicio de Inteligencia. Esa misma noche, en el Club Centauro, Blake explica al profesor Philip Mortimer la dificultad de desmantelar una red de este tipo en la que hay agentes que ni siquiera se conocen entre ellos.
Al día siguiente, durante el interrogatorio de Jennings, se revela una fotografía de su contacto: para su sorpresa, se trata del capitán Blake. Este último escapa con Jennings después de una persecución en motocicleta con su antiguo ayudante, David Honeychurch. Unas horas más tarde, Mortimer es escoltado hasta su apartamento, que será registrado por la policía. Informado de los acontecimientos recientes, se niega a creer en la traición de su amigo, incluso ante la creciente evidencia. Cree más bien que está en peligro y que debe encontrarlo para ayudarlo. Recuerda que el día anterior, Blake le había contado una forma inofensiva de escapar a Yorkshire , donde se encontraba con su prima Virginia . Después de escapar de la vigilancia de la policía, viaja, con la ayuda de un vagabundo, al norte de Inglaterra en un tren de mercancías para evitar los controles policiales. Luego viaja a Seanberry en bicicleta, donde Virginia ya parece conocerlo y lo espera.
Mientras tanto, Blake y Jennings llegan a Londres en una furgoneta postal. Al entrar en una casa en la campiña inglesa, Blake se enfrenta a su antiguo enemigo, el coronel Olrik, y a su hombre, Jack, matando a Jennings. Olrik no está convencido por la traición de Blake, y para ponerla a prueba, le ordena que mate a Fielding, un agente del MI5 en cautiverio. Blake no lo hace, y consigue noquear a Olrik y a Jack al final de una pelea durante la cual Fielding resulta gravemente herido. Para escapar, provoca un incendio, lo que obliga a Olrik y a sus hombres a abandonar apresuradamente la residencia antes de que lleguen los bomberos.
En Seanberry, Virginia le revela a Mortimer que es una agente encubierta (alias "prima") al servicio de Blake y que la traición de este último es solo una operación encubierta para infiltrarse en la red de espionaje. Pero a primera hora de la mañana, las cosas se complican cuando el Ministro del Interior , la única persona de importancia que conoce la operación, es víctima de un "accidente" de coche. Además, el inspector jefe Glenn Kendall encuentra a Mortimer y lo detiene. A punto de ser arrestado, el Profesor se sube al descapotable con Virginia que logra perder a sus perseguidores. Ella lleva a Mortimer a una granja donde intercambia su ropa con un hombre como él para tratar con la policía. En Londres, Honeychurch -que resulta ser también parte de la operación- es atrapado in fraganti por el subsecretario de Estado para el Ministerio del Interior , Harold Doyle-Smith, en persona.
Mortimer es conducido a Escocia , donde encuentra a Blake en un cromlech . Luego descubre que están justo al lado del Castillo de Ardmuir, donde hay un seminario científico. Blake le dice que el plan de Olrik es secuestrar a los físicos más brillantes del Reino y hacerlos trabajar en nombre de una potencia extranjera. El matón aparece entonces con sus hombres y los dos amigos se separan para evadirlos. Mortimer, rodeado, salta al agua desde lo alto de un acantilado, mientras Blake se sube a un coche, cuyo ocupante resulta ser el subsecretario de Estado Harold Doyle-Smith. Blake le revela entonces su operación secreta y, al llegar al Castillo, Doyle-Smith le da el beneficio de la duda. Cuando Blake ve la mano de seis dedos del industrial Adrian Deloraine, recuerda la advertencia de Fielding y comprende que el subsecretario de Estado es el Topo. Sin poder reaccionar, se encuentra encerrado en una mazmorra con su adjunto Honeychurch.
Durante este tiempo, Mortimer, a quien todos creen muerto, se queda atrapado en una cornisa del acantilado. Sigue un paso subterráneo que lo lleva a una base secreta de submarinos ubicada debajo del Castillo. Silenciosamente, libera a Blake y Honeychurch. Mientras este último advierte al SAS, Blake y Mortimer sabotean la base del generador y luego, al final de una pelea entre Mortimer y Olrik, la hélice y el timón del submarino. Se desata un tiroteo entre los dos bandos hasta que el SAS invade el Castillo y la base. Todos son arrestados excepto Olrik, que logra escapar en hidroavión. Blake y Mortimer reciben de manos del Ministro del Interior la Cruz Victoria por el servicio prestado a su patria.
La primera publicación en inglés fue realizada por Cinebook Ltd en septiembre de 2008.