El ADN polimórfico amplificado aleatoriamente ( RAPD ), pronunciado "rápido", [1] es un tipo de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), pero los segmentos de ADN que se amplifican son aleatorios. [2] El científico que realiza RAPD crea varios cebadores cortos y arbitrarios (10 a 12 nucleótidos) y luego continúa con la PCR utilizando una plantilla grande de ADN genómico, con la esperanza de que los fragmentos se amplifiquen. Al resolver los patrones resultantes, se puede obtener un perfil semi-único a partir de una reacción RAPD.
No se requiere conocimiento de la secuencia de ADN del genoma objetivo, ya que los cebadores se unirán en algún lugar de la secuencia, pero no se sabe exactamente dónde. Esto hace que el método sea popular para comparar el ADN de sistemas biológicos que no han tenido la atención de la comunidad científica, o en un sistema en el que se comparan relativamente pocas secuencias de ADN (no es adecuado para formar un banco de datos de ADNc). Debido a que se basa en una secuencia plantilla de ADN grande e intacta, tiene algunas limitaciones en el uso de muestras de ADN degradadas. Su poder de resolución es mucho menor que el de los métodos de comparación de ADN específicos de cada especie, como las repeticiones cortas en tándem . En los últimos años, RAPD se ha utilizado para caracterizar y rastrear la filogenia de diversas especies de plantas y animales.
Los marcadores RAPD son fragmentos de ADN decámero (de 10 nucleótidos de longitud) procedentes de la amplificación por PCR de segmentos aleatorios de ADN genómico con un único cebador de secuencia de nucleótidos arbitraria y que son capaces de diferenciar entre individuos genéticamente distintos, aunque no necesariamente de forma reproducible. Se utiliza para analizar la diversidad genética de un individuo mediante el uso de cebadores aleatorios. Debido a problemas de reproducibilidad de los experimentos, muchas revistas científicas ya no aceptan experimentos basados simplemente en RAPD. RAPD requiere sólo un cebador para la amplificación.
Después de la amplificación con PCR, las muestras se cargan en un gel (ya sea de agarosa o poliacrilamida) para electroforesis en gel . Los diferentes tamaños creados mediante amplificación aleatoria se separarán a lo largo del gel de manera repetible dependiendo de la fuente de la muestra. Esto crea una huella digital de ADN distinta.
A diferencia del análisis de PCR tradicional, RAPD no requiere ningún conocimiento específico de la secuencia de ADN del organismo objetivo: los cebadores de 10 meros idénticos amplificarán o no un segmento de ADN, dependiendo de las posiciones que sean complementarias a la secuencia de los cebadores. Por ejemplo, no se produce ningún fragmento si los cebadores se hibridan demasiado separados o si los extremos 3' de los cebadores no están enfrentados. Por lo tanto, si se ha producido una mutación en el ADN molde en el sitio que anteriormente era complementario al cebador, no se producirá un producto de PCR, lo que dará como resultado un patrón diferente de segmentos de ADN amplificados en el gel.