Egipto tiene esencialmente un clima desértico cálido ( clasificación climática de Köppen BWh ). El clima es generalmente extremadamente seco en todo el país, excepto en la costa norte del Mediterráneo , donde llueve en invierno. Además de la escasez de lluvia, el calor extremo durante los meses de verano también es una característica climática general de Egipto, aunque las temperaturas diurnas son más moderadas a lo largo de la costa norte .
El viento predominante del noroeste procedente del mar Mediterráneo sopla continuamente sobre la costa norte sin la interposición de una eventual cadena montañosa y, por lo tanto, modera en gran medida las temperaturas durante todo el año. Debido a este efecto, las temperaturas mínimas promedio varían de 15 °C (59 °F) en invierno a 27-30 °C (80,6-86,0 °F) en verano y las temperaturas máximas promedio varían de 21-24 °C (69,8-75,2 °F) en invierno a 43 °C (109,4 °F) en verano. Aunque las temperaturas son moderadas a lo largo de las costas, la situación cambia en el interior, que está alejado de los vientos moderadores del norte. Así, en las partes central y sur, las temperaturas diurnas son muy altas, especialmente en veranos cuando las temperaturas máximas promedio pueden superar los 50 °C (122 °F), como en Asuán , Luxor , Asiut o Sohag , que se encuentran en los desiertos de Egipto. Aunque el clima es suave en los días de invierno, la temperatura desciende hasta ser muy fría por la noche y por las mañanas, a veces helada, especialmente en las tierras interiores del Alto Egipto, las regiones desérticas tienen noches heladas. La temperatura puede llegar a estar por debajo de los cero grados centígrados.
Cada año, entre marzo y mayo, sopla desde el sur o el suroeste un viento extremadamente cálido, seco y polvoriento, llamado khamasīn . Cuando el aire seco sopla continuamente sobre vastas regiones desérticas, levanta partículas finas de arena y polvo y finalmente da lugar a un viento polvoriento que generalmente se siente en la periferia del desierto. Cuando este viento sopla sobre Egipto, provoca que las temperaturas se disparen temporalmente hasta niveles peligrosos, normalmente por encima de los 49-50 °C (120-122 °F), y que los niveles de humedad relativa caigan por debajo del 5%. El khamasīn provoca olas de calor repentinas y tempranas y los récords de temperatura más altos absolutos en Egipto.
Egipto recibe entre 20 mm (0,79 pulgadas) y 200 mm (7,87 pulgadas) de precipitación media anual a lo largo de la estrecha costa mediterránea , pero al sur de El Cairo, el promedio cae a casi 0 milímetros (0,00 pulgadas) en la parte central y sur del país. Los lugares más nublados y lluviosos están en Alejandría y Rafah y sus alrededores . La duración de la luz solar es alta en todo Egipto, oscilando entre un mínimo de 3.300 horas a lo largo de la parte más septentrional en lugares como Alejandría y un máximo de más de 4.000 horas más en el interior, en la mayor parte del país.
Algunas localidades montañosas del Sinaí , como Santa Catalina , tienen temperaturas nocturnas más frescas debido a su gran altitud. En las montañas del Sinaí rara vez nieva, pero casi nunca nieva en las ciudades de Giza, El Cairo y Alejandría. Por ejemplo, en diciembre de 2015, El Cairo recibió una sola nevada durante la noche por primera vez desde 1899.