stringtranslate.com

Sean Eddy

Sean Roberts Eddy es profesor de Biología Molecular y Celular y de Matemáticas Aplicadas en la Universidad de Harvard . Anteriormente estuvo basado en el Janelia Research Campus de 2006 a 2015 [1] [7] [8] en Virginia . Sus intereses de investigación son la bioinformática , la biología computacional y el análisis de secuencias biológicas . [9] [10] [11] [12] A partir de 2016, los proyectos incluyen el uso de modelos ocultos de Markov [13] [14] en HMMER , Infernal [15] Pfam y Rfam . [16] [17] [18] [19]

Educación

Eddy se graduó en junio de 1982 de la escuela secundaria Marion Center Area, Marion Center, Pensilvania . Luego completó una Licenciatura en Biología en el Instituto de Tecnología de California en 1986, [20] seguida de un Doctorado en Filosofía en biología molecular en la Universidad de Colorado bajo la supervisión de Larry Gold en 1991 estudiando el fago T4 . [2] [21] [22]

Carrera

De 1992 a 1995 fue investigador postdoctoral en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) del Medical Research Council (MRC ) en Cambridge, Reino Unido, trabajando con John Sulston y Richard Durbin . De 1995 a 2007 trabajó en la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington y desde 2000 trabaja para el Instituto Médico Howard Hughes.

Premios y honores

En 2007, Sean fue el ganador del Premio Benjamin Franklin en Bioinformática por sus contribuciones al Acceso Abierto en las Ciencias de la Vida. [23]

En 2022, Eddy fue elegido miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [24]

Referencias

  1. ^ ab Publicaciones de Sean Eddy indexadas por Google Scholar
  2. ^ ab Eddy, Sean Roberts (1991). Intrones en los bacteriófagos T-even (tesis doctoral). Universidad de Colorado. OCLC  28253022. ProQuest  303935681.
  3. ^ Finlandés, RD; Clementes, J.; Eddy, SR (2011). "Servidor web HMMER: búsqueda interactiva de similitud de secuencias". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (problema del servidor web): W29–W37. doi : 10.1093/nar/gkr367. PMC 3125773 . PMID  21593126. 
  4. ^ Nawrocki, EP; Kolbe, DL; Eddy, SR (2009). "Infernal 1.0: Inferencia de alineamientos de ARN". Bioinformática . 25 (10): 1335-1337. doi : 10.1093/bioinformática/btp157. PMC 2732312 . PMID  19307242. 
  5. ^ Bateman, A .; Moneda, L.; Durbin, R .; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxón, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "La base de datos de familias de proteínas Pfam". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (Problema de la base de datos): 138D–1141. doi : 10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. PMC 308855 . PMID  14681378.  Icono de acceso abierto
  6. ^ Gardner, PP; Daub, J.; Tate, J.; Moore, BL; Osuch, IH; Griffiths-Jones, S.; Finn, RD; Nawrocki, EP; Kolbe, DL; Eddy, SR; Bateman, A. (2010). "Rfam: Wikipedia, clanes y la versión" decimal "". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D141 – D145. doi : 10.1093/nar/gkq1129. PMC 3013711 . PMID  21062808. 
  7. ^ Luego (2012). "Biografía del científico del HHMI: Sean R. Eddy, Ph.D." Archivado desde el original el 16 de junio de 2012.
  8. ^ Kaplan, Karen (2011). "Una tirada de dados: Sean Eddy tiene el trabajo de sus sueños". Naturaleza . 479 (7373): 433–435. doi : 10.1038/nj7373-433a . PMID  22106470.
  9. ^ Durbin, Richard M .; Eddy, Sean R.; Krogh, Anders ; Mitchison, Graeme (1998), Análisis de secuencias biológicas: modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos (1ª ed.), Cambridge, Nueva York: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  10. ^ Rivas, E.; Lang, R.; Eddy, SR (2011). "Una gama de modelos probabilísticos complejos para la predicción de la estructura secundaria del ARN que incluye el modelo del vecino más cercano y más". ARN . 18 (2): 193–212. doi :10.1261/rna.030049.111. PMC 3264907 . PMID  22194308. 
  11. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; calibre, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (febrero de 2001). «Secuenciación inicial y análisis del genoma humano» (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. Código Bib :2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  12. ^ "Página de inicio de Sean Eddy". selab.janelia.org . Archivado desde el original el 4 de diciembre de 2010.
  13. ^ Eddy, SR (2004). "¿Qué es un modelo de Markov oculto?". Biotecnología de la Naturaleza . 22 (10): 1315-1316. doi : 10.1038/nbt1004-1315 . PMID  15470472.
  14. ^ Eddy, S. (1998). "Perfiles de modelos de Markov ocultos". Bioinformática . 14 (9): 755–763. doi : 10.1093/bioinformática/14.9.755 . PMID  9918945.
  15. ^ "Blog de Sean Eddy". criptogenomicon.org .
  16. ^ Eddy, SR (2012). "La paradoja del valor C, el ADN basura y ENCODE". Biología actual . 22 (21): R898–R899. doi : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . PMID  23137679.
  17. ^ Publicaciones de Sean Eddy indexadas por la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  18. ^ Leyendo genomas poco a poco - Sean Eddy en YouTube , GenomeTV
  19. ^ Sean Eddy Keynote OBF BOSC en YouTube , 20 de julio de 2013
  20. ^ "CV de Sean Eddy" (PDF) . selab.janelia.org . Archivado desde el original (PDF) el 9 de marzo de 2012.
  21. ^ Eddy, SR; Oro, L. (1991). "El intrón nrdB del fago T4: un mutante por eliminación de una versión encontrada en la naturaleza". Genes y desarrollo . 5 (6): 1032–1041. doi : 10.1101/gad.5.6.1032 . PMID  2044951.
  22. ^ Turco, C.; Eddy, S.; Parma, D.; Oro, L. (1990). "Operador traslacional autógeno reconocido por la ADN polimerasa del bacteriófago T4". Revista de biología molecular . 213 (4): 749–761. doi :10.1016/S0022-2836(05)80261-X. PMID  2359122.
  23. ^ Luego (2007). "Blog de BioMed Central: Sean Eddy gana el premio de acceso abierto". blogs.openaccesscentral.com . Archivado desde el original el 7 de junio de 2011.
  24. ^ "28 de abril de 2022: ¡ISCB felicita y presenta la promoción de becarios de 2022!". www.iscb.org . Consultado el 17 de junio de 2022 .