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David Sankoff

David Sankoff (nacido el 31 de diciembre de 1942) es un matemático, bioinformático , informático y lingüista canadiense. Ocupa la Cátedra de Investigación de Canadá en Genómica Matemática en el Departamento de Matemáticas y Estadística de la Universidad de Ottawa , y es designado para el Departamento de Biología y la Escuela de Tecnología de la Información e Ingeniería. Fue editor fundador de la revista científica Language Variation and Change (Cambridge) [6] y forma parte de los consejos editoriales de varias revistas de bioinformática, biología computacional y lingüística. [7] [8] [9] [10] Sankoff es más conocido por sus contribuciones pioneras en lingüística computacional y genómica computacional . [3] Se le considera uno de los fundadores de la bioinformática . En particular, tuvo un papel clave en la introducción de la programación dinámica [11] para la alineación de secuencias y otros problemas en biología computacional . En palabras de Pavel Pevzner , [2] " Michael Waterman y David Sankoff son responsables de transformar la bioinformática de una 'colección de sellos' de problemas mal definidos en una disciplina rigurosa con importantes aplicaciones biológicas".

Educación

Sankoff publicó su primer artículo en 1963 [12] mientras era estudiante de grado de Matemáticas en la Universidad McGill . A partir de su investigación doctoral, desarrolló formulaciones matemáticas para una serie de conceptos fundamentales en lingüística socio- e histórica, incluyendo la glotocronología , [13] el análisis de reglas variables (con Henrietta Cedergren), [14] el mercado lingüístico [15] y la alternancia de códigos . [16]

Carrera e investigación

Después de completar su doctorado en Matemáticas, Sankoff comenzó su carrera académica en la Universidad de Montreal en 1969. En 1971, Sankoff se interesó en la comparación de secuencias moleculares [11] e ideó la primera variante de tiempo cuadrático del algoritmo Needleman-Wunsch para el alineamiento de secuencias por pares . [17] En 1973, Sankoff y Robert Cedergren desarrollaron un método de estimación conjunta para la filogenia y el alineamiento de secuencias múltiples del ARN ribosómico 5S , [18] sentando las bases algorítmicas de la genómica comparativa . En 1975, Sankoff y Václav Chvátal estudiaron el comportamiento del problema de la subsecuencia común más larga en entradas aleatorias; [19] las constantes de proporcionalidad que surgen en este estudio se conocen como las constantes de Chvátal-Sankoff . En 1980, Robert Cedergen y David Sankoff crearon el primer grupo de investigación en bioinformática en la Universidad de Montreal . [20] El trabajo de Sankoff en bioinformática aborda la estructura secundaria del ARN , los reordenamientos del genoma , la alineación de secuencias , la evolución del genoma y la filogenética . [21]

Premios y honores

Referencias

  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
  2. ^ abc Maisel, M. (2006). "ISCB honra a Michael S. Waterman y Mathieu Blanchette". PLOS Computational Biology . 2 (8): e105. Bibcode :2006PLSCB...2..105M. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020105 . PMC 1526462 . 
  3. ^ Publicaciones de David Sankoff indexadas por Google Scholar
  4. ^ : Sankoff, David (2008). "Cómo predecir la evolución de una comunidad bilingüe".En Meyerhoff, Miriam y Naomi Nagy (eds.), Vidas sociales en el lenguaje: sociolingüística y comunidades de habla multilingüe: Celebrando el trabajo de Gillian Sankoff (pp. 179–194). Ámsterdam: John Benjamins .
  5. ^ David Sankoff en el Proyecto de Genealogía Matemática
  6. ^ Sali, Tagliamonte (2015-11-02). Haciendo olas: la historia de la sociolingüística variacionista . Chichester, West Sussex, Reino Unido. ISBN 9781118455166. OCLC  921307274.{{cite book}}: Mantenimiento de CS1: falta la ubicación del editor ( enlace )
  7. ^ "BMC Bioinformatics" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  8. ^ "Revista de bioinformática y biología computacional" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  9. ^ "Journal of Computational Biology" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  10. ^ "Molecular Phylogenetics and Evolution, Volume 43" (Filogenética molecular y evolución, volumen 43) . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  11. ^ ab Sankoff, D. (2000). "La introducción temprana de la programación dinámica en la biología computacional". Bioinformática . 16 (1): 41–47. doi : 10.1093/bioinformatics/16.1.41 . PMID  10812476.
  12. ^ Friesen, JD; Sankoff, D.; Siminovitch, L. (1963). "Estudios radiobiológicos del virus vaccinia". Virología . 21 (3): 411–424. doi :10.1016/0042-6822(63)90203-4. PMID  14081366.
  13. ^ Sankoff, David (1970). "Sobre la tasa de reemplazo de las relaciones entre palabras y significados". Lengua . 46 (3): 564–569. CiteSeerX 10.1.1.667.3279 . doi :10.2307/412307. JSTOR  412307. 
  14. ^ Cedergren, HJ; D. Sankoff (1974). "Reglas variables: el desempeño como un reflejo estadístico de la competencia". Lengua . 50 (2): 333–355. CiteSeerX 10.1.1.665.3156 . doi :10.2307/412441. JSTOR  412441. 
  15. ^ : Sankoff, D.; S. Laberge (1978). "El mercado lingüístico y la explicación estadística de la variabilidad".En D. Sankoff (ed.), Variación lingüística: modelos y métodos (pp. 239-250). Nueva York: Academic Press.
  16. ^ Sankoff, David; Shana Poplack (1981). "Una gramática formal para el cambio de código". Artículos en lingüística . 14 (1): 3–46. CiteSeerX 10.1.1.667.3175 . doi :10.1080/08351818109370523. 
  17. ^ Sankoff, D. (1972). "Matching sequences under deletion-insertion limitations" (Coincidencia de secuencias bajo restricciones de deleción-inserción). Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 69 (1): 4–6. Bibcode :1972PNAS...69....4S. doi : 10.1073/pnas.69.1.4 . PMC 427531 . PMID  4500555. 
  18. ^ Sankoff, D; C. Morel; RJ Cedergren (1973). "Evolución del ARN 5S y la no aleatoriedad del reemplazo de bases". Nature New Biology . 245 (147): 232–234. doi :10.1038/newbio245232a0. PMID  4201431.
  19. ^ Chvatal, Václáv ; Sankoff, David (1975), "Subsecuencias comunes más largas de dos secuencias aleatorias", Journal of Applied Probability , 12 (2): 306–315, doi :10.2307/3212444, JSTOR  3212444, MR  0405531, S2CID  250345191.
  20. ^ "Historia del Centro Robert Cedergren" . Consultado el 25 de agosto de 2013 .
  21. ^ Anónimo (2003). "Premio ISCB Senior Scientist a Sankoff". iscb.org/iscb-awards . Archivado desde el original el 3 de marzo de 2016.
  22. ^ ab "David Sankoff". Investigación . Consultado el 3 de noviembre de 2020 .
  23. ^ "Premio Acfas Thérèse Gouin-Décarie (Premio Marcel-Vincent antes de 2013)". PREMIO Acfas (en francés). 2019 . Consultado el 19 de septiembre de 2020 .
  24. ^ La profesora Angela McLean recibió la Medalla Weldon. 17-05-2018.
  25. ^ "David Sankoff - Premio a la Excelencia en Investigación". Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2014 . Consultado el 25 de agosto de 2013 .
  26. ^ "El cofundador de la bioinformática recibirá un doctorado honorario". Matemáticas . 2019-06-11 . Consultado el 2020-11-03 .