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David Sankoff

David Sankoff (nacido el 31 de diciembre de 1942) es un matemático, bioinformático , informático y lingüista canadiense. Ocupa la Cátedra de Investigación de Canadá en Genómica Matemática en el Departamento de Matemáticas y Estadística de la Universidad de Ottawa , y tiene nombramientos cruzados en el Departamento de Biología y la Escuela de Ingeniería y Tecnología de la Información. Fue editor fundador de la revista científica Language Variation and Change (Cambridge) [6] y forma parte de los consejos editoriales de varias revistas de bioinformática, biología computacional y lingüística. [7] [8] [9] [10] Sankoff es mejor conocido por sus contribuciones pioneras en lingüística computacional y genómica computacional . [3] Se le considera uno de los fundadores de la bioinformática . En particular, tuvo un papel clave en la introducción de la programación dinámica [11] para la alineación de secuencias y otros problemas en biología computacional . En palabras de Pavel Pevzner , [2] "[ Michael Waterman ] y David Sankoff son responsables de transformar la bioinformática de una 'colección de sellos' de problemas mal definidos a una disciplina rigurosa con importantes aplicaciones biológicas".

Educación

Sankoff publicó su primer artículo en 1963 [12] mientras era estudiante de Matemáticas en la Universidad McGill . A partir de su investigación doctoral, desarrolló formulaciones matemáticas para una serie de conceptos fundamentales en lingüística socio e histórica, incluida la glotocronología , [13] el análisis de reglas variables (con Henrietta Cedergren), [14] el mercado lingüístico [15] y el cambio de código . . [dieciséis]

Carrera e investigación

Después de completar su doctorado. En Matemáticas, Sankoff comenzó su carrera académica en la Universidad de Montreal en 1969. En 1971, Sankoff se interesó en la comparación de secuencias moleculares [11] e ideó la primera variante de tiempo cuadrático del algoritmo Needleman-Wunsch para el alineamiento de secuencias por pares . [17] En 1973, Sankoff y Robert Cedergren desarrollaron un método de estimación conjunta para la filogenia y el alineamiento de secuencias múltiples del ARN ribosómico 5S , [18] sentando las bases algorítmicas de la genómica comparada . En 1975, Sankoff y Václav Chvátal estudiaron el comportamiento del problema de subsecuencia común más largo en entradas aleatorias; [19] las constantes de proporcionalidad que surgen en este estudio se conocen como constantes de Chvátal-Sankoff . En 1980, Robert Cedergen y David Sankoff crearon el primer grupo de investigación en bioinformática en la Universidad de Montreal . [20] El trabajo de Sankoff en bioinformática aborda la estructura secundaria del ARN , los reordenamientos del genoma , la alineación de secuencias , la evolución del genoma y la filogenética . [21]

Premios y honores

Referencias

  1. ^ ab Anón (2017). "Becarios ISCB". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 2017-03-20.
  2. ^ abc Maisel, M. (2006). "ISCB honra a Michael S. Waterman y Mathieu Blanchette". PLOS Biología Computacional . 2 (8): e105. Código Bib : 2006PLSCB...2..105M. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020105 . PMC 1526462 . 
  3. ^ ab Publicaciones de David Sankoff indexadas por Google Scholar
  4. ^ : Sankoff, David (2008). "Cómo predecir la evolución de una comunidad bilingüe".En Meyerhoff, Miriam y Naomi Nagy (eds.), Vidas sociales en el lenguaje: sociolingüística y comunidades de habla multilingüe: celebración del trabajo de Gillian Sankoff (págs. 179-194). Ámsterdam: John Benjamins .
  5. ^ David Sankoff en el Proyecto de genealogía de matemáticas
  6. ^ Sali, Tagliamonte (2 de noviembre de 2015). Haciendo olas: la historia de la sociolingüística variacionista . Chichester, West Sussex, Reino Unido. ISBN 9781118455166. OCLC  921307274.{{cite book}}: Mantenimiento CS1: falta el editor de la ubicación ( enlace )
  7. ^ "Bioinformática de BMC" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  8. ^ "Revista de Bioinformática y Biología Computacional" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  9. ^ "Revista de Biología Computacional" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  10. ^ "Filogenética molecular y evolución, volumen 43" . Consultado el 8 de junio de 2019 .
  11. ^ ab Sankoff, D. (2000). "La introducción temprana de la programación dinámica en la biología computacional". Bioinformática . 16 (1): 41–47. doi : 10.1093/bioinformática/16.1.41 . PMID  10812476.
  12. ^ Friesen, JD; Sankoff, D.; Siminovitch, L. (1963). "Estudios radiobiológicos del virus vaccinia". Virología . 21 (3): 411–424. doi :10.1016/0042-6822(63)90203-4. PMID  14081366.
  13. ^ Sankoff, David (1970). "Sobre la tasa de sustitución de las relaciones palabra-significado". Idioma . 46 (3): 564–569. CiteSeerX 10.1.1.667.3279 . doi :10.2307/412307. JSTOR  412307. 
  14. ^ Cedergren, HJ; D. Sankoff (1974). "Reglas variables: el desempeño como reflejo estadístico de la competencia". Idioma . 50 (2): 333–355. CiteSeerX 10.1.1.665.3156 . doi :10.2307/412441. JSTOR  412441. 
  15. ^ : Sankoff, D.; S. Labergé (1978). "El mercado lingüístico y la explicación estadística de la variabilidad".En D. Sankoff (ed.), Variación lingüística: modelos y métodos (págs. 239-250). Nueva York: Academic Press.
  16. ^ Sankoff, David; Shana Poplack (1981). "Una gramática formal para el cambio de código". Artículos de lingüística . 14 (1): 3–46. CiteSeerX 10.1.1.667.3175 . doi :10.1080/08351818109370523. 
  17. ^ Sankoff, D. (1972). "Secuencias coincidentes bajo restricciones de eliminación-inserción". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 69 (1): 4–6. Código bibliográfico : 1972PNAS...69....4S. doi : 10.1073/pnas.69.1.4 . PMC 427531 . PMID  4500555. 
  18. ^ Sankoff, D; C. Morel; RJ Cedergren (1973). "Evolución del ARN 5S y la no aleatoriedad del reemplazo de bases". Naturaleza Nueva Biología . 245 (147): 232–234. doi :10.1038/newbio245232a0. PMID  4201431.
  19. ^ Chvatal, Václáv ; Sankoff, David (1975), "Subsecuencias comunes más largas de dos secuencias aleatorias", Journal of Applied Probability , 12 (2): 306–315, doi :10.2307/3212444, JSTOR  3212444, MR  0405531, S2CID  250345191.
  20. ^ "Historia del Centro Robert Cedergren" . Consultado el 25 de agosto de 2013 .
  21. ^ Luego (2003). "Premio ISCB al científico senior para Sankoff". iscb.org/iscb-awards . Archivado desde el original el 3 de marzo de 2016.
  22. ^ ab "David Sankoff". Investigación . Consultado el 3 de noviembre de 2020 .
  23. ^ "Premio Acfas Thérèse Gouin-Décarie (Premio Marcel-Vincent antes de 2013)". PREMIO Acfas (en francés). 2019 . Consultado el 19 de septiembre de 2020 .
  24. ^ La profesora Angela McLean recibió la medalla Weldon. 2018-05-17.
  25. ^ "David Sankoff - Premio a la excelencia en investigación". Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2014 . Consultado el 25 de agosto de 2013 .
  26. ^ "Cofundador de bioinformática recibirá un doctorado honoris causa". Matemáticas . 2019-06-11 . Consultado el 3 de noviembre de 2020 .