Gen codificador de proteínas en la especie Homo sapiens
La proteína 1 que se une al daño del ADN es una proteína que en los humanos está codificada por el gen DDB1 . [5] [6] [7]
Gene
La posición del gen está en el cromosoma 11q12-q13. [8]
Proteína
El gen DDB1 codifica la subunidad grande de la proteína de unión al daño del ADN , un heterodímero compuesto por una subunidad grande y una pequeña ( DDB2 ). DDB1 contiene 1140 aminoácidos, lo que equivale a una masa de 127 kDa. [8]
Función
Como sugiere su nombre, DDB1 estuvo inicialmente implicado en el proceso de un tipo específico de reparación del ADN conocido como reparación por escisión de nucleótidos . Desde entonces, los investigadores han descubierto que DDB1 funciona principalmente como un componente central de los complejos de ubiquitina ligasa E3 basados en CUL4A y CUL4B . DDB1 sirve como un puente o proteína adaptadora que interactúa con docenas de proteínas conocidas como factores asociados a DDB1 y CUL4 (DCAF). [9] Estos DCAF son a menudo sustratos de la ubiquitina ligasa y regulan numerosos procesos esenciales en la célula, incluida la reparación del ADN (DDB2), la replicación del ADN, la remodelación de la cromatina ( Cdt2 ) y más.
Interacciones
Se ha demostrado que DDB1 interactúa con el homólogo de la proteína de iniciación de la transcripción SPT3 , [10] GCN5L2 , [11] DDB2 , [12] [13] CUL4A , [13] CUL4B [13] y P21 . [14]
Referencias
- ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000167986 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000024740 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ Dualan R, Brody T, Keeney S, Nichols AF, Admon A, Linn S (febrero de 1996). "Localización cromosómica y clonación de ADNc de los genes (DDB1 y DDB2) para las subunidades p127 y p48 de una proteína de unión al ADN específica para daños humanos". Genómica . 29 (1): 62–9. doi :10.1006/geno.1995.1215. PMID 8530102.
- ^ Seki N, Hayashi A, Hattori A, Kozuma S, Sasaki M, Suzuki Y, Sugano S, Muramatsu M, Saito T (enero de 2000). "Clonación de ADNc, expresión tisular y asignación cromosómica de un gen de ratón que codifica una proteína de unión al ADN de 127 kDa dañada por UV que es defectuosa en células XPE". DNA Res . 6 (5): 319–22. doi : 10.1093/dnares/6.5.319 . PMID 10574459.
- ^ "Entrez Gene: proteína de unión al ADN específica del daño DDB1 1, 127 kDa".
- ^ ab Iovine B, Iannella ML, Bevilacqua MA (2011). "Proteína de unión al ADN específica de daño 1 (DDB1): una proteína con una amplia gama de funciones". Revista internacional de bioquímica y biología celular . 43 (12). Elsevier: 1664–1667. doi :10.1016/j.biocel.2011.09.001. PMID 21959250.
- ^ Lee J (2007). "DCAFs, el eslabón perdido de la ligasa de ubiquitina CUL4-DDB1". Molecular Cell . 26 (6): 775–780. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.001 . PMID 17588513.
- ^ Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (octubre de 2001). "El complejo STAGA humano es un coactivador de la transcripción acetilante de cromatina que interactúa con el empalme de pre-ARNm y los factores de unión al daño del ADN in vivo". Mol. Cell. Biol . 21 (20): 6782–95. doi :10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863 .
- ^ Huang J, Chen J (julio de 2008). "VprBP dirige a Merlin al complejo de ligasa E3 Roc1-Cul4A-DDB1 para su degradación". Oncogene . 27 (29): 4056–64. doi :10.1038/onc.2008.44. PMID 18332868. S2CID 23628888.
- ^ Bergametti F, Sitterlin D, Transy C (julio de 2002). "La renovación de la proteína X del virus de la hepatitis B está regulada por un complejo de unión al ADN dañado". J. Virol . 76 (13): 6495–501. doi :10.1128/JVI.76.13.6495-6501.2002. PMC 136256 . PMID 12050362.
- ^ abc Guerrero-Santoro J, Kapetanaki MG, Hsieh CL, Gorbachinsky I, Levine AS, Rapić-Otrin V (julio de 2008). "La proteína ligasa de unión al ADN dañada por los rayos UV basada en cullin 4B se une a la cromatina dañada por los rayos UV y ubiquitina la histona H2A". Cancer Res . 68 (13): 5014–22. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-07-6162 . PMID 18593899.
- ^ Abbas T, Sivaprasad U, Terai K, Amador V, Pagano M, Dutta A (septiembre de 2008). "Regulación dependiente de PCNA de la ubiquitinación y degradación de p21 a través del complejo de ubiquitina ligasa CRL4Cdt2". Genes Dev . 22 (18): 2496–506. doi :10.1101/gad.1676108. PMC 2546691 . PMID 18794347.
Lectura adicional
- Chu G, Chang E (1988). "Las células del grupo E del xeroderma pigmentosum carecen de un factor nuclear que se une al ADN dañado". Science . 242 (4878): 564–7. Bibcode :1988Sci...242..564C. doi :10.1126/science.3175673. PMID 3175673.
- Lee TH, Elledge SJ, Butel JS (1995). "La proteína X del virus de la hepatitis B interactúa con una probable proteína de reparación del ADN celular". J. Virol . 69 (2): 1107–14. doi :10.1128/JVI.69.2.1107-1114.1995. PMC 188683 . PMID 7815490.
- Keeney S, Eker AP, Brody T, et al. (1994). "Corrección del defecto de reparación del ADN en el grupo E del xeroderma pigmentoso mediante la inyección de una proteína que se une al daño del ADN" (PDF) . Proc. Natl. Sci. USA . 91 (9): 4053–6. Bibcode :1994PNAS...91.4053K. doi : 10.1073/pnas.91.9.4053 . PMC 43721 . PMID 8171034.
- Keeney S, Chang GJ, Linn S (1993). "Caracterización de una proteína de unión al daño del ADN humano implicada en el xeroderma pigmentosum E." J. Biol. Chem . 268 (28): 21293–300. doi : 10.1016/S0021-9258(19)36923-6 . PMID 8407967.
- Hwang BJ, Liao JC, Chu G (1996). "Aislamiento de un ADNc que codifica un factor de unión al ADN dañado por rayos UV defectuoso en células del grupo E del xeroderma pigmentoso". Mutat. Res . 362 (1): 105–17. doi :10.1016/0921-8777(95)00040-2. PMID 8538642.
- Nichols AF, Ong P, Linn S (1996). "Mutaciones específicas del fenotipo Ddb- del grupo E del xeroderma pigmentoso". J. Biol. Chem . 271 (40): 24317–20. doi : 10.1074/jbc.271.40.24317 . PMID: 8798680.
- Liu W, Nichols AF, Graham JA, et al. (2000). "Transporte nuclear de la proteína DDB humana inducido por luz ultravioleta". J. Biol. Chem . 275 (28): 21429–34. doi : 10.1074/jbc.M000961200 . PMID 10777491.
- Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, et al. (2001). "El complejo STAGA humano es un coactivador de la transcripción acetilante de cromatina que interactúa con el empalme de pre-ARNm y los factores de unión al daño del ADN in vivo". Mol. Cell. Biol . 21 (20): 6782–95. doi :10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863 .
- Chen X, Zhang Y, Douglas L, Zhou P (2002). "Las proteínas de unión al ADN dañadas por la radiación UV son objetivos de la ubiquitinación y degradación mediadas por CUL-4A". J. Biol. Chem . 276 (51): 48175–82. doi : 10.1074/jbc.M106808200 . PMID 11673459.
- Rapić-Otrin V, McLenigan MP, Bisi DC, et al. (2002). "Unión secuencial del factor de unión al daño del ADN por UV y degradación de la subunidad p48 como eventos tempranos después de la irradiación UV". Nucleic Acids Res . 30 (11): 2588–98. doi :10.1093/nar/30.11.2588. PMC 117178 . PMID 12034848.
- Bergametti F, Sitterlin D, Transy C (2002). "La renovación de la proteína X del virus de la hepatitis B está regulada por un complejo de unión al ADN dañado". J. Virol . 76 (13): 6495–501. doi :10.1128/JVI.76.13.6495-6501.2002. PMC 136256 . PMID 12050362.
- Bontron S, Lin-Marq N, Strubin M (2002). "La proteína X del virus de la hepatitis B asociada con UV-DDB1 induce la muerte celular en el núcleo y es antagonizada funcionalmente por UV-DDB2". J. Biol. Chem . 277 (41): 38847–54. doi : 10.1074/jbc.M205722200 . PMID 12151405.
- Andrejeva J, Poole E, Young DF, et al. (2002). "La subunidad p127 (DDB1) de la proteína de unión a la reparación del daño del ADN por UV es esencial para la degradación dirigida de STAT1 por la proteína V del virus simio paramixovirus 5". J. Virol . 76 (22): 11379–86. doi :10.1128/JVI.76.22.11379-11386.2002. PMC 136798 . PMID 12388698.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generación y análisis inicial de más de 15.000 secuencias completas de ADNc humano y de ratón". Proc. Natl. Sci. EE. UU . . 99 (26): 16899–903. Bibcode :2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932.
- Groisman R, Polanowska J, Kuraoka I, et al. (2003). "La actividad de la ubiquitina ligasa en los complejos DDB2 y CSA está regulada diferencialmente por el señalosoma COP9 en respuesta al daño del ADN". Cell . 113 (3): 357–67. doi : 10.1016/S0092-8674(03)00316-7 . PMID 12732143. S2CID 11639677.
- Leupin O, Bontron S, Strubin M (2003). "La proteína X del virus de la hepatitis B y la proteína 5V del virus de los simios exhiben propiedades de unión a UV-DDB1 similares para mediar actividades distintas". J. Virol . 77 (11): 6274–83. doi :10.1128/JVI.77.11.6274-6283.2003. PMC 154990 . PMID 12743284.
- Wertz IE, O'Rourke KM, Zhang Z, et al. (2004). "Human De-etiolated-1 regulations c-Jun by assembling a CUL4A ubiquitin ligase" (PDF) . Ciencia . 303 (5662): 1371–4. Bibcode :2004Sci...303.1371W. doi :10.1126/science.1093549. PMID 14739464. S2CID 40501515.
- Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H, et al. (2004). "Un mapa físico y funcional de la vía de transducción de señales TNF-alfa/NF-kappa B humana". Nat. Cell Biol . 6 (2): 97–105. doi :10.1038/ncb1086. PMID 14743216. S2CID 11683986.