La última edición de la J.League Cup , oficialmente la J.League Yamazaki Nabisco Cup 2006 , patrocinada por Nabisco , comenzó el 29 de marzo. El Gamba Osaka quedó exento de competir en la fase de grupos, debido a su entrada en la Liga de Campeones asiática. Por tanto, pasaron a los cuartos de final.
La final fue el 3 de noviembre en el Estadio Nacional de Tokio . Los ganadores fueron el JEF United Ichihara Chiba , que venció al Kashima Antlers en la final por 2-0 y se adjudicó su segundo campeonato de la Copa J.League .
"Kawasaki Frontale avanza a las semifinales gracias a la regla de los goles fuera de casa" .
"Kashima Antlers avanza a la final gracias a la regla de los goles fuera de casa" .
Koki Mizuno ( JEF United Chiba )
Washington ( Urawa Red Diamonds ), 9 goles Hiroyuki Taniguchi ( Kawasaki Frontale )