La Copa Toyota Libertadores de 2006 fue la 47.ª edición de la Copa Libertadores , el torneo anual de clubes de fútbol de la CONMEBOL .
En el torneo participaron 38 equipos de 11 asociaciones de fútbol, comenzando con la primera ronda de clasificación, que se disputó el 24 de enero de 2006.
Internacional ganó esta edición y consiguió su primer título al vencer a São Paulo por un marcador global de 4-3.
Los equipos de la columna Equipo #1 jugaron en casa en el partido de ida.
Los 6 ganadores de la ronda clasificatoria y los 26 clubes preclasificados se dividirán en 8 grupos de 4 equipos cada uno. Los 2 mejores equipos de cada grupo avanzarán a los play-offs de la Copa Libertadores.
Los desempates, si son necesarios, se aplican en el siguiente orden:
Los equipos fueron clasificados del 1 al 8 (primeros lugares de cada grupo) y del 9 al 16 (segundos lugares de cada grupo) y los empates fueron 1 contra 16, 2 contra 15, etc.