La Copa Toyota Libertadores 2006 fue la 47ª edición de la Copa Libertadores , el torneo anual de clubes de fútbol de la CONMEBOL .
Participaron 38 equipos de 11 asociaciones de fútbol, comenzando con la primera ronda de clasificación disputada el 24 de enero de 2006.
Internacional ganó esta edición por su primer título, venciendo a São Paulo por 4-3 en el global.
Los equipos de la columna Equipo #1 jugaron en casa en el partido de ida.
Los 6 ganadores de la ronda de clasificación y los 26 clubes preclasificados se dividen en 8 grupos de 4 equipos cada uno. Los 2 mejores equipos de cada grupo avanzarán a los repechajes de la Copa Libertadores.
Los desempates, si es necesario, se aplican en el siguiente orden:
Los equipos fueron clasificados del 1 al 8 (primeros clasificados de cada grupo) y del 9 al 16 (segundos clasificados de cada grupo) y los empates fueron 1 vs 16, 2 vs 15, etc.