El Consorcio Internacional de Fenotipado de Ratones (IMPC) es un esfuerzo científico internacional para crear y caracterizar el fenotipo de 20.000 cepas de ratones knockout . [1] [2] [3] Lanzado en septiembre de 2011, [1] el consorcio consta de más de 15 institutos de investigación en cuatro continentes con financiación proporcionada por el NIH , los gobiernos nacionales europeos y las instituciones asociadas. [4]
Se prevé que la iniciativa dure 10 años (hasta 2021) y se centrará en el análisis de ratones mutantes homocigotos generados en un fondo isogénico C57BL/6 N por el Consorcio Internacional de Ratones Knockout . Las cepas de ratones se caracterizan en un amplio proceso de fenotipado que se centra en revelar información sobre enfermedades humanas midiendo parámetros embrionarios, neuromusculares, sensoriales, cardiovasculares, metabólicos, respiratorios, hematológicos y neurológicos. [1] [5] Los protocolos utilizados para evaluar estos fenotipos se han estandarizado entre los socios del IMPC y están disponibles en IMPReSS. [5]
Las cepas de ratones generadas por los socios de IMPC se depositan en el repositorio KOMP [6] y en el Archivo Europeo de Ratones Mutantes. [7] En muchos casos, se archivarán cepas que porten uno de dos tipos de alelos: un alelo nulo utilizado en el proceso de fenotipado primario de IMPC y un alelo condicional listo que permite knockouts restringidos a tejidos a través de los sistemas de recombinación Cre-Lox Recombination y FLP-FRT .
Los datos fenotípicos se registran en una base de datos en línea de libre acceso y con capacidad de búsqueda completa , [8] generando lo que se ha descrito como una "enciclopedia integral de la función genética de los mamíferos". [1]
El Recurso internacional de fenotipado de ratones de cribado estandarizado (IMPReSS) coordina y presenta protocolos estandarizados que se utilizan en las clínicas de investigación con ratones para evaluar las características biológicas de las cepas de ratones mutantes. IMPReSS se puso en marcha en 2011 para ayudar al IMPC a lograr su objetivo de caracterizar una cepa de ratones knockout para cada gen y seguirá desarrollándose activamente durante los diez años de duración del proyecto. [1] IMPReSS, el sucesor de EMPReSS, se basa en el concepto de "canalización de fenotipos": una secuencia de procedimientos individuales realizados en un ratón a una edad específica y organizados para minimizar la interferencia de un procedimiento al siguiente. [9] [10] [11] Cada procedimiento se divide en un conjunto de múltiples parámetros que capturan tanto datos como metadatos. Los parámetros de datos se asocian con términos de ontología biomédica para facilitar el intercambio de datos y ayudar en la identificación de modelos fenotípicos de ratones de enfermedades humanas. [12]
El European Mouse Phenotyping Resource for Standardized Screens (EMPReSS), [9] predecesor de IMPReSS, desarrolló más de 150 protocolos estandarizados para la caracterización de cepas de ratones mutantes en institutos de investigación europeos como parte de los proyectos EUMODIC [13] y EUMORPHIA [14] . EMPReSS se desarrolló activamente desde 2002 hasta que fue reemplazado por IMPReSS en 2011. Los datos de fenotipo recopilados a partir de los protocolos EMPReSS están disponibles en Europhenome .
Alrededor del 30% de todas las supresiones de genes dirigidas en ratones resultan en muerte embrionaria o perinatal . [15] Por lo tanto, los efectos de estas mutaciones no pueden estudiarse en ratones adultos vivos, excepto como mutantes heterocigotos . Sin embargo, los estudios sistemáticos de supresiones letales embrionarias son importantes para comprender cómo estos genes influyen en el desarrollo y la supervivencia del embrión.
En 2013, el IMPC publicó el informe Bloomsbury sobre el fenotipado de embriones de ratón [15] , en el que se esboza un proceso estándar para la detección de knockouts letales para embriones en mutantes homocigotos. En el Reino Unido, sus recomendaciones forman la base del proyecto DMDD (Descifrando los mecanismos de los trastornos del desarrollo). [16]