Tras la guerra civil y el caos social resultante, algunas facciones lograron ejercer cierto grado de autoridad sobre ciertas regiones de Somalia donde mantuvieron un amplio apoyo basado en clanes. Esto permitió a estas facciones establecer administraciones funcionales y, finalmente, estados coherentes , y restaurar el orden en sus regiones. Esto ocurrió primero en Puntlandia , el suroeste de Somalia , Galmudug , Jubaland y finalmente en Banadir .
En 1981, tres grupos de emigrados anti-Siad Barre de Majertin en Adén (entonces parte de Yemen del Sur ) formaron el Frente Democrático de Salvación Somalí , con el propósito de luchar junto a las fuerzas etíopes en la Guerra de Ogaden contra el régimen de Siad Barre. La invasión fue retirada en 1982 cuando Estados Unidos envió ayuda militar de emergencia a Somalia. La organización se dividió cada vez más según clanes, lo que llevó al encarcelamiento de muchos miembros destacados, incluido Abdullahi Yusuf Ahmed , y a la deserción de muchos al régimen de Siad Barre. Durante la guerra civil, las SSDF comenzaron a consolidar su control sobre las regiones del norte de Mudug , Nugaal y Bari . El período de la Anarquía vio la región desgarrada por luchas internas entre facciones y un intento decidido de al-Ittihad al-Islami de apoderarse de la región por la fuerza desde su base en Bosaso , lo que llevó a una guerra increíblemente sangrienta que las SSDF ganaron a un alto costo. . Finalmente, en 1998, el SSDF, junto con el Partido Somalí Unido y la Unión Democrática Nacional Somalí, acordaron formar una administración y un estado conjuntos: Puntlandia. Desde entonces, Puntlandia y Somalilandia han estado en una disputa, a veces violenta, sobre las regiones principalmente Darod de Sool y Sanaag .
Maakhir (Makhir) es un estado autónomo autoproclamado declarado el 1 de julio de 2007 en una zona "disputada" por Somalilandia y Puntlandia. El modelo de autogobierno de Maakhir se basa en el sistema de bloques de construcción respaldado por la comunidad internacional como forma de reconstituir el Estado colapsado de Somalia. Este sistema de gobierno a nivel local en Somalia se considera una estrategia viable a largo plazo para resolver conflictos entre clanes y crear instituciones como la policía, el sistema judicial y un ejército local que proteja y salvaguarde los servicios de las ONG internacionales, así como las disposiciones de Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo . Este estado autónomo se unió posteriormente a Somalilandia y tiene representantes en el Parlamento de Somalilandia.
Las facciones leales a Siad Barre, especialmente entre su propio clan Marehan , formaron el Frente Nacional Somalí después de su destitución del poder, y se basaron principalmente en esta región, a donde se retiraron tras el final de la guerra civil. En los alrededores de Kismayo, hubo enfrentamientos entre los subclanes Darood que huían de Mogadishu por el control de la ciudad, los clanes Harti del norte liderados por Mohamed Hersi Morgan y su milicia el SPM, y los clanes Marehan liderados por Ahmed Warsame y su milicia el SNF. SPM-Harti se retiró de la ciudad tras la pérdida de la guerra. El estado de Jubaland se estableció el 3 de septiembre de 1998, pero este gobierno sobrevivió menos de un año antes de ser expulsado por varias facciones del Frente Nacional Somalí, formando un nuevo régimen unido en todo Jubaland, la Alianza del Valle de Juba en junio. 11 de junio de 1999. El JVA decidió unirse al Gobierno Nacional de Transición (GNT) el 18 de junio de 2001, pero en enero de 2006 cambiaron de opinión y formaron su propio estado autónomo de Jubaland. Este estado duró menos de un año, ya que la Unión de Tribunales Islámicos se puso de su lado numerosas facciones del JVA y tomó Kismayo sin disparar un solo tiro el 24 de septiembre de 2006.
El clan Rahanweyn no asumió un papel activo al comienzo de la guerra civil y prefirió permanecer al margen del conflicto. Sin embargo, durante el apogeo de la anarquía, las milicias de Mohamed Farah Aideed invadieron Baidoa, tomando el control de la ciudad más importante de Rahanweyn, el 17 de septiembre de 1995. En respuesta a esto, los líderes de Rahanweyn se reunieron en Jhaffey el 13 de octubre de 1995 y Acordaron formar una fuerza unida para resistir a Aideed, el Ejército de Resistencia Rahanweyn (RRA). El RRA finalmente optó por formar su propio estado en el suroeste de Somalia el 1 de abril de 2002. El liderazgo primero apoyó al Gobierno Nacional de Transición (GNT), pero luego se dividió sobre el cambio para apoyar al rival Consejo de Reconciliación y Restauración de Somalia (SRRC). Algunos permanecieron leales al movimiento TNG. Ambas partes finalmente se reconciliaron y apoyaron al Gobierno Federal de Transición (GFT) y lo acogieron en Baidoa.
Hay dos fases distintas del gobierno de transición: el Gobierno Nacional de Transición (GNT) y el Gobierno Federal de Transición:
Una conferencia celebrada en la ciudad turística de Arta, en Yibuti, logró poner fin a la violencia entre facciones del USC y avanzó hacia la unidad, pero no logró establecer un gobierno integral. Muchas facciones se negaron a asistir porque no podían fijar los términos de la reconciliación y su patrocinador, Etiopía, estaba en contra del GNT. Estas facciones pro-Etiopía formaron su propio movimiento de gobierno nacional pantribal, el Consejo de Reconciliación y Restauración de Somalia (SRRC).
En Kenia se llevó a cabo un segundo intento de formar un gobierno nacional más integral. Esta vez se permitió a los líderes de la fracción fijar condiciones y Etiopía les concedió la influencia que deseaban. El gobierno se trasladó a Jowhar y Abdullahi Yusuf Ahmed fue elegido presidente por el Parlamento Federal de Transición (TFP), con lo que Puntlandia pasó a formar parte del Gobierno Federal de Transición (GFT). Debido a los términos de la reconciliación, las facciones y los líderes de las fracciones siguieron siendo feudos completamente autónomos, y el GFT se convirtió más bien en una Liga de Naciones Somalí en miniatura, y prácticamente impotente. Todavía se disputaban disputas violentas, como las luchas internas entre Mohamed Ibrahim Habsade y sus compañeros líderes del RRA Hassan Mohamed Nuur "Shatigudud" y Adan Mohamed Nuur Madobe por el control de Baidoa en 2005. Los tres eran miembros del nuevo Parlamento, y los dos últimos Los líderes eran incluso ministros de gobierno. [2]
En 1984, dos organizaciones islamistas reaccionarias, al-Jamma al-Islamiya (Asociación Islámica), dirigida por el jeque Mohammed Eissa (con sede en el sur), y Wahdat al-Shabab al-Islam (Unidad de la Juventud Islámica), dirigida por el jeque Ali Warsame, se reunieron en Burao, en el norte de Somalia, con el fin de formar una nueva organización unida para derrocar el régimen de Siad Barre: al-Ittihad al-Islami . El objetivo de esta organización unida era doble: uno, derrotar a Siad Barre y establecer un estado islámico en Somalia y dos, unificar la Gran Somalia (Djibouti, el noreste de Kenia y la región somalí de Etiopía) en este estado. Durante la guerra civil, AIAI estableció una posición firme en los dos bastiones de poder de sus dos partes componentes, la región de Gedo y el noroeste, y emprendió una audaz política expansionista durante el período de anarquía, conquistando su propio territorio independiente en Bosaso en 1992. Sin embargo, Etiopía invadió Gedo varias veces y aplastó a la AIAI, ocupando Gedo durante varios años, y la SSDF logró aplastar a la AIAI en el norte en 1992/93.
El golpe recibido por la AIAI fue aplastante y la organización esencialmente se disolvió en pequeños tribunales islámicos independientes dispersos por las zonas de Somalia donde Etiopía y Puntlandia, o cualquier otra persona, no tenían influencia: la anárquica región central. Estos tribunales volvieron a sus raíces como movimiento social, más que revolucionario, y comenzaron a ofrecer arbitraje legal mediante la Sharia y servicios sociales, reconstruyendo lentamente su apoyo. Durante este tiempo, el elemento revolucionario de la corte se vio diluido por elementos más moderados que se sintieron atraídos principalmente por los aspectos sociales del movimiento, logrando un equilibrio entre ambos. Esta situación persistió durante muchos años hasta que 11 de estos tribunales con sede en Mogadiscio se unieron para formar la Unión de Tribunales Islámicos , con una agenda mucho más atractiva: restaurar la ley y el orden.
Esto es atractivo para todos excepto para los señores de la guerra, que ejemplificaban el despotismo criminal, y en mayo de 2006 la UIC estaba en una guerra callejera total con los señores de la guerra, que se habían unido y asegurado el respaldo financiero de Estados Unidos para derrotarlos. Sin embargo, no fue suficiente y la UIC logró una victoria total el 6 de junio de 2006. La UIC salió de Mogadiscio y se vinculó con tribunales independientes en toda Somalia central, forjando una administración que rápidamente eclipsó a todos los demás estados de Somalia el 16 de agosto de 2006. .
Varios ancianos del clan liderados por el subclan Sacad de Habir Gidir declararon que Galmudug era un estado el 14 de agosto de 2006 en el sur de Galkacyo , Galinsoor y Bandiradley , que llegaría a abarcar todo el sur de Mudug.
