Logró su doctorado en Filosofía en la Universidad de Columbia (1935) y fue asistente del Museo de EE.
Realizó varias excavaciones paleontológicas en la India, Israel, Oceanía y Estados Unidos, sobre todo en Alaska, Arizona y Nuevo México, donde en 1947 describió numerosos esqueletos de Coelophysis, localizados en una fosa común del triásico superior.
Este hallazgo sugirió que la tierra estuvo unida por un supercontinente (que Wegener denominó Pangea en 1915) durante el Mesozoico.
Entre los fósiles que Colbert describió se encuentra el dinosaurio triásico Staurikosaurus (1970) y el reptil planeador del triásico Icarosaurus (1961).
La abreviatura Colbert se emplea para indicar a Edwin Harris Colbert como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.