Un sitio Chi o secuencia Chi es un tramo corto de ADN en el genoma de una bacteria cerca del cual es más probable que ocurra una recombinación homóloga que en promedio en todo el genoma. Los sitios Chi sirven como estimuladores de la reparación de roturas de doble cadena de ADN en bacterias, que pueden surgir de tratamientos químicos o de radiación , o resultar de la rotura de la horquilla de replicación durante la replicación del ADN . La secuencia del sitio Chi es única para cada grupo de organismos estrechamente relacionados; en E. coli y otras bacterias entéricas, como Salmonella, la secuencia central es 5' -GCTGGTGG- 3' más nucleótidos importantes aproximadamente de 4 a 7 nucleótidos al lado 3' de la secuencia central. La existencia de sitios Chi se descubrió originalmente en el genoma del bacteriófago lambda , un virus que infecta a E. coli , pero ahora se sabe que ocurre unas 1000 veces en el genoma de E. coli .
La secuencia Chi sirve como señal para la helicasa- nucleasa RecBCD que desencadena un cambio importante en las actividades de esta enzima. Al encontrarse con la secuencia Chi mientras desenrolla el ADN, RecBCD corta el ADN unos pocos nucleótidos hacia el lado 3' de Chi, dentro de las secuencias importantes señaladas anteriormente; dependiendo de las condiciones de reacción, este corte es un simple corte en la cadena con extremo 3' o el cambio de la actividad de la nucleasa de cortar la cadena con extremo 3' a cortar la cadena con extremo 5'. En cualquier caso, el ADN monocatenario 3' resultante (ssDNA) está unido por múltiples moléculas de proteína RecA que facilitan la "invasión de cadena", en la que una cadena de un ADN bicatenario homólogo es desplazada por el ssDNA asociado a RecA. La invasión de cadena forma una molécula de ADN conjunta llamada bucle D. Se cree que la resolución del bucle D ocurre por replicación iniciada por el extremo 3' generado en Chi (en el bucle D). Alternativamente, el bucle D puede convertirse en una unión de Holliday mediante el corte del bucle D y un segundo intercambio de cadenas de ADN; la unión de Holliday puede convertirse en ADN dúplex lineal mediante el corte de la unión de Holliday y la ligadura de las muescas resultantes. Cualquier tipo de resolución puede generar moléculas de ADN recombinante si los dos ADN que interactúan son genéticamente diferentes, así como reparar el ADN inicialmente dañado.
A los sitios Chi se los denomina a veces "puntos calientes de recombinación". El nombre "Chi" es una abreviatura de instigador de punto caliente de cruce . En referencia al fago lambda de E. coli , el término a veces se escribe como "sitio χ", utilizando la letra griega chi ; para E. coli y otras bacterias, el término "Chi" es apropiado.