El Colaboratorio de Herramientas y Recursos de Neuroimagen (NITRC) es un entorno de conocimiento en informática de neuroimagen para RM, PET/SPECT, CT, EEG/MEG, imágenes ópticas, neuroinformática clínica, genómica de imágenes y herramientas y recursos de neurociencia computacional.
Iniciado en 2006 y actualmente financiado por la subvención NIH número: 1R24EB029173, [1] [2] la misión de NITRC es proporcionar un entorno de conocimiento fácil de usar que permita la distribución, mejora y adopción de herramientas y recursos de neuroimagen y se ha expandido desde RM a Genómica de imágenes, EEG/MEG, PET/SPECT, CT, imágenes ópticas, neuroinformática clínica y neurociencia computacional. Con 143.000 visitas de página por mes, las más de 1.000 herramientas y recursos de NITRC han sido descargados más de 11,4 millones de veces por 1,4 millones de usuarios.
El objetivo de NITRC es apoyar a los investigadores dedicados a mejorar, adoptar, distribuir y contribuir a la evolución de las herramientas y recursos de análisis de neuroimagen financiados anteriormente para un uso más amplio de la comunidad. Al promover herramientas de software, flujos de trabajo, recursos, vocabularios, datos de prueba e imágenes preprocesadas generadas por la comunidad a través de su Repositorio de imágenes (NITRC-IR), NITRC brinda a los investigadores un acceso mayor y más eficiente a las herramientas y recursos que necesitan; categoriza y organiza mejor las herramientas y recursos existentes a través de un vocabulario controlado; facilita las interacciones entre investigadores y desarrolladores a través de foros, contacto directo por correo electrónico, calificaciones y reseñas; y promueve un mejor uso a través de una documentación mejorada.
Para satisfacer las distintas necesidades de los desarrolladores e investigadores de informática de neuroimagen, NITRC ofrece una funcionalidad colaborativa como la que se encuentra en plataformas como GitHub y SourceForge . Para proporcionar dicha funcionalidad, personalizamos el proyecto de código abierto GForge . Por lo tanto, dentro de NITRC, cada herramienta o recurso tiene la opción de ofrecer contenido descriptivo, así como utilizar MediaWiki, CVS/SVN, seguimiento de errores, noticias y foros para distribuir información y descargas. Alojado en servidores de NITRC y vinculado a sitios web existentes, NITRC es la fuente de herramientas y recursos de informática de neuroimagen.
El equipo del NITRC, que se puso en marcha en 2007 con un calendario de programación ágil, sigue priorizando e implementando mejoras funcionales y de diseño para que el sitio web sea aún más accesible. A medida que se amplía el alcance científico, también lo hacen los servicios mejorados del NITRC, que incluyen su repositorio de imágenes para respaldar el intercambio de datos de imágenes y su servicio de entorno computacional en Amazon Marketplace para respaldar la ejecución de análisis computacionales complejos de datos de imágenes.
El conjunto de servicios del Centro de intercambio de herramientas y recursos informáticos de neuroimagen (NITRC) incluye:
El Repositorio de recursos del NITRC (NITRC-R) es el entorno de colaboración de referencia que permite la distribución, mejora y adopción a nivel mundial de herramientas y recursos de neuroinformática. El alcance científico del NITRC-R incluye resonancia magnética, tomografía por emisión de positrones/SPECT, tomografía computarizada, electroencefalografía/megalometría, imágenes ópticas, neuroinformática clínica, genómica de imágenes y, más recientemente, neurociencia computacional.
El repositorio de imágenes NITRC (NITRC-IR) , creado en XNAT, es un repositorio curado de imágenes escaneadas DICOM y NIfTI que se pueden buscar por metadatos, como diagnóstico, lateralidad, género o grupo. Los conjuntos de datos NITRC-IR incluyen: Conectomas funcionales, Intercambio de datos de imágenes cerebrales de autismo (ABIDE), Muestra, ADHD-200, Beijing Eyes Open Eyes Shut.
NITRC Computational Environment (NITRC-CE) es un servicio de computación de big data virtual preconfigurado con herramientas de análisis de software de neuroimagen populares que permiten pagar por tiempo de computación. Mediante AWS EC2 y aprovechando NeuroDebian, NITRC-CE [3] y NITRC-CE para instancias de computación en clúster [4] están disponibles a través de AWS Marketplace. También está disponible una instancia de Amazon Machine (AMI) pública.
La tríada de servicios de NITRC atiende a la comunidad mundial de investigación en neuroinformática, con un 64 % de usuarios procedentes de Estados Unidos, China, Alemania, Reino Unido y Canadá. Con más de 3,2 millones de visitas a la página y 747 000 visitas de 335 200 visitantes únicos, NITRC-R facilita el acceso a un número cada vez mayor de herramientas y recursos de neuroinformática (630). NITRC-IR ofrece 4800 temas que se pueden buscar en 9 proyectos para promover la reutilización e integración de estos valiosos datos compartidos. Con un promedio de 20 900 visitas y 76 200 visitas a la página por mes, el software y los datos de NITRC-R y NITRC-IR se han descargado más de 1,3 millones de veces. NITRC-CE proporciona una implementación simplificada de computación basada en la nube que admite FreeSurfer, FSL, AFNI y muchos otros recursos de software. En pruebas de procesamiento en el mundo real, un cálculo representativo que hubiera llevado 24 horas en una computadora de escritorio de alta potencia tomó el 25 % del tiempo (8 horas) a un costo de solo $4. La prueba fue un cálculo de morfometría basada en vóxeles (VBM) de FSL en 64 sujetos de CANDIShare ejecutado en una computadora de escritorio Mac Intel Xeon de 2,8 GHz contra una instancia grande de AWS (m1.large) usando paralelización SGE en 4 núcleos.
El NITRC está dirigido por la Facultad de Medicina de la Universidad de Massachusetts en Worcester, MA; y está construido y operado en colaboración con TCG, Inc. de Washington, DC; Preuss Enterprises, Inc., FL; y The Paulson Venture, CA. El NITRC-R y el NITRC-IR están alojados en el Centro de Investigación en Sistemas Biológicos de la Universidad de California, San Diego. Los miembros actuales del equipo incluyen a: David Kennedy y Christian Haselgrove, UMMS; Nina Preuss, PMP, Preuss Enterprises Inc.; Matthew Travers y Al Crowley, TCG, Inc.; y Abby Paulson, The Paulson Venture.