El 21 de septiembre de 2006 se celebró en la ciudad austriaca de Salzburgo la contrarreloj masculina del Campeonato Mundial de Ruta UCI de 2006. La prueba formaba parte del Campeonato Mundial de Ruta UCI . El ciclista suizo Fabian Cancellara ganó la medalla de oro y el maillot arcoíris como campeón del mundo de contrarreloj de 2006.
Cada Federación Nacional pudo inscribir a dos corredores. Al final, se seleccionaron 53 corredores para la carrera. Como el polaco Piotr Mazur no participó, participaron 52 corredores.