EBICh

Base de datos química y ontología de entidades moleculares

Chemical Entities of Biological Interest , también conocida como ChEBI , ^{[1] [2]} es una base de datos química y ontología de entidades moleculares centrada en compuestos químicos "pequeños", que forma parte del esfuerzo de Ontologías Biomédicas Abiertas (OBO) en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI). El término "entidad molecular" se refiere a cualquier " átomo , molécula , ion , par iónico , radical , ion radical , complejo , confórmero , etc., constitucional o isotópicamente distinto, identificable como una entidad distinguible por separado". ^[3] Las entidades moleculares en cuestión son productos de la naturaleza o productos sintéticos que tienen bioactividad potencial. Las moléculas codificadas directamente por el genoma, como los ácidos nucleicos , las proteínas y los péptidos derivados de proteínas por escisión proteolítica , por regla general no se incluyen en ChEBI.

ChEBI utiliza nomenclatura , simbolismo y terminología avalados por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC) y el comité de nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (NC-IUBMB).

Alcance y acceso

Todos los datos de la base de datos no son de propiedad exclusiva o se derivan de una fuente no de propiedad exclusiva. Por lo tanto, son de libre acceso y están disponibles para cualquier persona. Además, cada elemento de datos es totalmente rastreable y se hace referencia explícita a la fuente original. Está relacionado en su alcance con otras bases de datos como ChEMBL , ChemSpider , DrugBank , MetaboLights y PubChem .

Los datos de ChEBI están disponibles a través de una aplicación web pública , servicios web , punto final SPARQL y descargas. ^{[1] [2]}

Referencias

1. de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010). "Entidades químicas de interés biológico: una actualización". Nucleic Acids Research . 38 (número de la base de datos): D249-54. doi :10.1093/nar/gkp886. PMC  2808869 . PMID  19854951.
2. Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). "ChEBI: una base de datos y ontología para entidades químicas de interés biológico". Nucleic Acids Research . 36 (número de base de datos): D344-50. doi :10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832 . PMID  17932057. 
3. IUPAC , Compendio de terminología química , 2.ª ed. (el "Libro de oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "molecular entity". doi :10.1351/goldbook.M03986