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CARRETERA

La proteína que contiene el dominio de la quinasa de carbohidratos (abreviada como CARKD ), codificada por el gen CARKD , es una proteína humana de función desconocida. El gen CARKD codifica proteínas con un propéptido mitocondrial predicho (mCARKD), un péptido señal (spCARKD) o ninguno de ellos (cCARKD). El análisis de microscopía confocal de células CHO (ovario de hámster chino) transfectadas indicó que cCARKD permanece en el citosol , mientras que mCARKD y spCARKD se dirigen a las mitocondrias y al retículo endoplasmático respectivamente. [6] La proteína se conserva en muchas especies y tiene ortólogos predichos a través de eucariotas , bacterias y arqueas .

Estructura

Gene

El gen CARKD humano tiene 10 exones y se encuentra en el cromosoma 13 en q34. Los siguientes genes están cerca de CARKD en el cromosoma: [7]

Proteína

Esta proteína es parte de la superfamilia de las fosfometilpirimidinas quinasas : riboquinasas /pfkB. Esta familia se caracteriza por la presencia de un dominio compartido por la familia. [8] CARKD contiene un dominio de carbohidrato quinasa ( Pfam PF01256). [8] Esta familia está relacionada con Pfam PF02210 y Pfam PF00294, lo que implica que también es una carbohidrato quinasa.

Propiedades previstas

Las siguientes propiedades de CARKD se predijeron mediante análisis bioinformático :

Función

Distribución de tejidos

La expresión de CARKD parece ser ubicua y en niveles altos. Los datos de expresión en la proteína humana y en el ortólogo de ratón indican su expresión en casi todos los tejidos. [13] [14] Un patrón de expresión peculiar de CARKD es su expresión diferencial a través del desarrollo de oligodendrocitos . Su expresión es menor en las células progenitoras de oligodendrocitos que en los oligodendrocitos maduros. [15]

Socios vinculantes

Se predijo que el precursor de unión a la proteína humana apolipoproteína A-1 ( APOA1BP ) sería un socio de unión para CARKD. [16] Esta predicción se basa en la coocurrencia a través de genomas y la coexpresión. Además de estos datos, los ortólogos de CARKD en E. coli contienen un dominio similar a APOA1BP. Esto indica que es probable que las dos proteínas se hayan originado a partir de un ancestro evolutivo común y, según la teoría del análisis de la piedra de Rosetta, [17] es probable que sean socios de interacción incluso en especies como los humanos donde las dos proteínas no se producen como un solo polipéptido.

Importancia clínica

Según la expresión específica de alelos de CARKD, se puede concluir que CARKD puede desempeñar un papel en la leucemia linfoblástica aguda . [18] Además, los datos de microarrays indican que CARKD está regulado positivamente en tumores de glioblastoma multiforme . [19]

Referencias

  1. ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000213995 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000031505 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  5. ^ PDB : 1kyh ​; Zhang RG, Grembecka J, Vinokour E, Collart F, Dementieva I, Minor W, Joachimiak A (septiembre de 2002). "Estructura de Bacillus subtilis YXKO: un miembro de la familia UPF0031 y una posible quinasa". Journal of Structural Biology . 139 (3): 161–70. doi :10.1016/S1047-8477(02)00532-4. PMC 2793413 . PMID  12457846. 
  6. ^ Marbaix AY, Tyteca D, Niehaus TD, Hanson AD, Linster CL, Van Schaftingen E (15 de mayo de 2014). "Presencia y distribución subcelular del sistema de reparación NADPHX en mamíferos". The Biochemical Journal . 460 (1): 49–58. doi :10.1042/bj20131482. PMID  24611804.
  7. ^ "Navegador de genoma de la UCSC: CARKD".
  8. ^ ab "CDD: Base de datos de dominios conservados (NCBI)".
  9. ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (marzo de 1992). "Métodos y algoritmos para el análisis estadístico de secuencias de proteínas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 89 (6): 2002–6. Bibcode :1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073/pnas.89.6.2002 . PMC 48584 . PMID  1549558. 
  10. ^ ab "Programa PI (Predicción del punto isoeléctrico)". Archivado desde el original el 26 de octubre de 2008.
  11. ^ ab "Base de datos UniProt".
  12. ^ Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G , Brunak S (julio de 2004). "Mejora de la predicción de péptidos señal: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology . 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784 . doi :10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320. 
  13. ^ "Unigene (visor de perfiles EST) Human CARKD".
  14. ^ "Ratón CARKD de Unigene (visor de perfiles EST)".
  15. ^ Nielsen JA, Maric D, Lau P, Barker JL, Hudson LD (septiembre de 2006). "Identificación de una nueva proteína de adhesión celular de oligodendrocitos mediante el uso de perfiles de expresión génica". Journal of Neuroscience . 26 (39): 9881–91. doi :10.1523/JNEUROSCI.2246-06.2006. PMC 1613258 . PMID  17005852. 
  16. ^ "STRING: Interacciones proteína-proteína conocidas y predichas".
  17. ^ Date SV (2008). "El método de la piedra de Rosetta". Bioinformática . Métodos en biología molecular. Vol. 453. Totowa, NJ: Humana Press. págs. 169–80. doi :10.1007/978-1-60327-429-6_7. ISBN 978-1-60327-428-9. Número de identificación personal  18712302.
  18. ^ Milani L, Lundmark A, Nordlund J, Kiialainen A, Flaegstad T, Jonmundsson G, Kanerva J, Schmiegelow K, Gunderson KL, Lönnerholm G, Syvänen AC (enero de 2009). "Los patrones de expresión génica específicos de alelos en células leucémicas primarias revelan la regulación de la expresión génica mediante la metilación del sitio CpG". Genome Research . 19 (1): 1–11. doi :10.1101/gr.083931.108. PMC 2612957 . PMID  18997001. 
  19. ^ Ruano Y, Mollejo M, Ribalta T, Fiaño C, Camacho FI, Gómez E, de Lope AR, Hernández-Moneo JL, Martínez P, Meléndez B (2006). "Identificación de nuevos genes diana candidatos en amplicones de tumores de glioblastoma multiforme detectados mediante expresión y perfil de microarrays CGH". Cáncer molecular . 5 (1): 39. doi : 10.1186/1476-4598-5-39 . PMC 1592108 . PMID  17002787. 

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