La Liga de Campeones CAF 2006 fue la 42ª edición de la Liga de Campeones CAF , el principal torneo de fútbol de clubes de África organizado por la Confederación Africana de Fútbol (CAF). Se inició el 17 de febrero de 2006 con una ronda preliminar. El Al Ahly de Egipto derrotó al CS Sfaxien de Túnez en la final para ganar su quinto título y por segunda vez consecutiva con un gol tardío de Mohamed Aboutrika . El AlAhly se queda con el trofeo para siempre después de 3 copas
1 La eliminatoria entre AS Port-Louis 2000 y Coin Nord se jugó a partido único únicamente por consentimiento mutuo.
2 Wallidan FC se retiró.
3 CIVO United se retiró. Posteriormente,
4 CAPS United fueron expulsados de la competición.
5 El Ahmedi se retiró.
1 El partido fue abandonado a los 9' del tiempo de descuento en la primera mitad con Hearts of Oak ganando 2-0, después de que Saint-George SA se marchara protestando por el arbitraje. La eliminatoria recayó en Hearts of Oak .
2 CAPS United fue expulsado de la competición tras el partido de ida, cuando se descubrió que se había presentado información falsa sobre dos jugadores de Malawi en su partido de primera ronda contra el AS Inter Star . El AS Inter Star también fue reintegrado.
Los partidos de ida se jugaron del 29 de septiembre al 1 de octubre y los partidos de vuelta del 14 al 15 de octubre.
Los máximos goleadores de la Liga de Campeones CAF 2006 son los siguientes: