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KIAA0825

KIAA0825 es una proteína que en los humanos está codificada por el gen del mismo nombre, ubicado en el cromosoma 5, 5q15. Es un posible factor de riesgo en la diabetes tipo II y está asociado con altos niveles de glucosa en la sangre. Es un gen que muta relativamente rápido, en comparación con otros genes codificantes. Sin embargo, hay una región que está altamente conservada en las especies que tienen el gen, conocida como DUF4495. Se predice que viaja entre el núcleo y el citoplasma.

información general

Las isoformas de C5orf36

KIAA0825 es un gen que parece ser un factor genético que aumenta el riesgo de diabetes tipo II , posiblemente al aumentar el nivel de glucosa en sangre. [5] También se ha identificado como un posible oncogén. [6] C5orf36 tiene un alias común KIAA0825. El gen tiene una longitud de aproximadamente 478 kb y contiene 22 exones. Produce 10 variantes diferentes: 9 versiones empalmadas alternativamente y una versión no empalmada. El ARNm más largo confirmado experimentalmente tiene una longitud de 7240 pb y produce una proteína de 1275 aminoácidos. [7] Se predice que la proteína pesa alrededor de 147,8 kDal. Tiene ortólogos en la mayoría de los animales, incluida Aplysia californica , pero no se encuentra fuera de los animales con la posible excepción de Plasmodiophora brassicae .

Información sobre proteínas

La proteína tiene un peso previsto de 147,8 kDal. [8] [9] No contiene una señal de localización nuclear conocida, pero sí contiene una señal de exportación nuclear. [10] Se predice que la localización subcelular de la proteína será el núcleo y el citoplasma. [11] Esto sugiere que la proteína podría viajar de un lado a otro a través de la membrana nuclear.

Estructura secundaria

Esta es una predicción en 3D creada por I-TASSER. El verde indica la conservación de DUF4495.

Varios programas sugieren que la estructura secundaria de la proteína es principalmente hélices con solo unas pocas láminas beta. [12] [13] [14] [15] El análisis de la composición de la proteína también sugiere que la proteína tiene niveles relativamente bajos de glicina. [16] Esto podría sugerir una estructura bastante rígida en relación con otras proteínas. La estructura terciaria es más difícil de predecir debido al tamaño de la proteína, parcialmente debido a su tamaño. La estructura 3-D mostrada muestra una predicción hecha por I-TASSER . Esta es una estructura posible con un puntaje C de -1.06 en una escala de -5 a 1 (en la que cuanto mayor sea el número, mayor será la confianza). [17] [18] [19] Esta estructura predicha indica que hay dos partes principales, y es posible que interactúen dependiendo del estado de la proteína (por ejemplo, si está fosforilada o no).

Expresión

Datos de expresión de ARNm del Atlas de proteínas humanas, calculados como transcripciones por millón (TPM).
En este artículo se muestran los niveles de expresión de C5orf36 en el tejido humano. Se proporciona en el Atlas de Proteínas Humanas.

El ARNm de KIAA0825 se expresa a tasas relativamente bajas en comparación con otros ARNm. [20] Sin embargo, la proteína se expresa a tasas relativamente altas, especialmente en partes del cerebro, así como en las glándulas suprarrenales y la tiroides. [21] Esto sugeriría que la proteína no se degrada fácilmente y permanece en la célula durante largos períodos de tiempo, de modo que la transcripción continua del ADN en ARNm es innecesaria. Ningún hallazgo actual sugiere que exista una expresión alternativa de diferentes isoformas en diferentes tejidos.

Regulación

El análisis del promotor ofrece cierta información sobre la expresión de KIAA0825. [22] Un posible regulador encontrado es el factor de transcripción NeuroD1 . Este factor es un regulador importante para el gen de la insulina, y una mutación en este gen puede conducir a la diabetes tipo II. [23] Esto podría explicar por qué KIAA0825 se expresa en niveles más bajos en pacientes con diabetes tipo II. Otro posible factor de transcripción es el factor de dedo de zinc mieloide 1, que está vinculado a la leucemia mieloide, porque retrasa la apoptosis de las células en presencia de ácido retinoico. [24] También hay varios lugares donde los factores de transcripción de la familia SMAD de vertebrados pueden unirse. Se cree que estos factores de transcripción son responsables de la dinámica nucleocitoplasmática. [25] Esto significa que estos factores de transcripción SMAD podrían afectar a KIAA0825, porque la localización subcelular sugiere que se desplaza a través de la envoltura nuclear.

Función

Se han descubierto dos proteínas que interactúan con KIAA0825. Una es el factor de unión al potenciador de la interleucina 3. [26] El ILF3 es un factor que forma complejos con otras proteínas y regula la expresión génica y estabiliza los ARNm. [27] La ​​otra es la proteína precursora de beta amiloide . [28] Esta proteína es una proteína de membrana integral que se encuentra más comúnmente en las sinapsis de las neuronas. Ninguna de estas proteínas se entiende lo suficientemente bien como para indicar con certeza el papel de C5orf36 en las células humanas. Sin embargo, sugieren que KIAA0825 podría cumplir una variedad de funciones en diferentes partes de la célula.

Ortología

Los ortólogos de KIAA0825 se pueden encontrar en prácticamente todos los animales , pero no se pueden encontrar en plantas, bacterias o protozoos. En su mayoría, está muy conservado en vertebrados, especialmente mamíferos, pero los genes que contienen una región similar a la región DUF4495 se pueden encontrar en la liebre marina de California , generalmente uno de los animales más simples. El tamaño, especialmente en mamíferos, está bien conservado y se mantiene muy cerca de entre 1250 y 1300 aminoácidos de longitud. Esto sugiere que la proteína se enrolla sobre sí misma formando estructuras importantes para su función.

No se encontraron parálogos del gen KIAA0825 en humanos ni en ninguna otra especie.

Referencias

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